农业部兽医局局长李金祥对记者说，四川省约有6,000万头猪，其中79.2万头在地震中死亡。救援人员仍在搜救地震幸存者，但是在大量尸体等待处理、水供应系统被破坏的情况下，政府也在努力进行消毒工作，避免人畜疫情发生。
据统计，截至目前，四川、重庆、陕西、甘肃、云南五个省(市)受灾死亡畜禽1,300万头(只)。四川省重灾区6个市州死亡畜禽1,234万，其中生猪81万头。灾情发生後，四川重灾区已无害化处理畜禽共计278.07万头(只)。地震摧毁了震中附近的大量养鱼场和15%的蔬菜产地，约5万个大棚被毁。
四川的油菜籽产量占全国的近15%，夏粮占近7%，蔬菜占5%。官方称，虽然全国充足的化肥产量可以弥补什邡等工业城市的化肥厂被毁所带来的损失，但灌溉系统的破坏却难以修复。四川正在从各水库泄洪，以减轻大坝的压力。
“一些水田今年可能就要变成旱田了，”农业部副部长危朝安说。“我们还会碰到许多问题，有一些问题我们现在已经注意到了，但是也可能出现我们没有想到、没有注意到的问题”。
