1 疫苗稀释的问题
冻干苗在使用前需要稀释，一般应用蒸馏水、生理盐水或专门稀释液，如马立克苗必须用专用稀释液；而猪三联苗必须用生理盐水，若用铝胶液稀释，则影响猪瘟抗原。有些养殖户忽视稀释对疫苗效果的影响，用自来水（含有氯离子等）、温开水（应用凉开水）等进行稀释都是错误的，均会影响到疫苗的效果。
2 免疫接种后的反应问题
2.1 正常反应
疫苗属于抗原，对于机体来说是“异己”物质，进入机体后由于排斥反应会导致动物出现一些“异常”外在表现，如精神沉郁、食欲下降、活动迟缓、体温升高等，但在24～48h后消失，都属于正常反应，不需治疗。因为现在使用的肾上腺素（用量过大时）、地塞米松之类的药物，都属于免疫抑制剂，会干扰抗体的形成造成免疫失败。
2.2 严重反应和过敏反应
在进行免疫接种的过程中经常会一些不良反应，如接种猪三联、口蹄疫疫苗时，猪在接种5～15min内会出现呼吸困难、喘气、皮肤发红、呕吐、抽搐等表现，一般认为属于接种疫苗后出现的严重反应或过敏反应，需要治疗，否则，会造成动物的死亡，且救治时间长短与治愈率呈正相关。
2.3 诱发症或合并症
在养鸡生产中，经常会出现这种情况。如接种新城疫疫苗后，有时鸡会在接种的当天晚上或次日，出现类似于新城疫的表现，且有一定死亡率。针对此种情况，是由于疫苗毒力过强或用量过大等所致，还是处于新城疫病毒潜伏感染期，应该如何治疗？是再用疫苗紧急接种治疗，还是用药物治疗？是困扰许多兽医人员的一个问题。据笔者在实际生产中观察，若发生的是病毒性疾病，死亡率高时，最好用抗病毒药来治疗，否则，会加剧鸡只死亡；死亡率不高时，最好用疫苗二次紧急接种，虽然会对首次接种产生影响，但3～5天后会产生更高抗体；零星死亡或群体精神差时，可以视情况来决定是否紧急接种。
3 免疫前后是否可以用药物的问题
一般认为接种活疫苗时，前后1周禁止使用抗病毒药物；用活菌苗时，前后7～10天禁止使用抗菌素；用灭活苗时，药物对其影响不大。那么饲料中添加的药物，如土霉素、金霉素、利高霉素，对疫苗接种有无影响呢？目前有两种观点：一是影响不大，因为饲料中添加的药物量较小；二是会对疫苗产生一定影响，笔者倾向于后者。
此外，在预防和治疗传染病时，用疫苗接种能和抗菌素同时使用吗？一般认为，两者同时使用是有影响的，应至少间隔24h。因为加入抗菌素后会改变疫苗的PH值、渗透压，对疫苗的稳定性有一定的影响。但在实际生产中，由于当前发病多为混合感染，往往是两者同时使用，这就需要用动态观点来看待。
4 免疫接种起效期的问题
疫苗不同于药物，不会像药物进入机体后，在很短的时间内就会产生作用峰期，它需要一定的起效期。有些养殖户在利用疫苗紧急接种时，往往比较性急，总是说：“这都用疫苗2天了，怎么还控制不住死亡，是不是疫苗的效果不行？”一般情况下，活苗的起效时间是3～5天，灭活苗的起效时间是2周左右，在未产生抗体之前，属于疫苗的“空白期”，对于机体来说是无保护作用的。
5 不同疫苗间的干扰问题
目前，养殖场免疫程序中接种疫苗的种类越来越多，一个必然的问题：不得不考虑疫苗的干扰现象。一般认为，如果两种疫苗间有干扰作用且需同时使用时，应间隔7天以上，但在实际操作中有时会出现一些问题。例如，母猪的一些繁殖障碍性疾病如PP、PR、PRRS、日本乙型脑炎等，大多建议在配种前使用，而母猪从断奶到发情只有3～5天，长的7～10天，若要接种3种疫苗如何来操作？这是笔者在对养殖户进行培训时，时常会被问到的一个问题。因此，在一些养殖场，从母猪哺乳期就开始接种来解决这个问题。而经过我们长时间的跟踪调查发现，部分母猪在接种后泌乳量会出现不同程度的下降。另一方面，疫苗间的干扰如猪瘟与繁殖与呼吸综合障碍症、新城疫与传染性支气管炎等，也是导致免疫失败的一个重要原因。
6 免疫间隔时间的问题
根据抗体形成的规律可知，用抗原刺激机体时，应该有一定的接种次数，才能保证抗体产生的水平和效果。具体什么时间做二次接种，应根据抗体监测结果来定。而在实际生产中，由于实验室条件所限，不可能全部都做监测。一些养殖户认为，免疫接种次数多比少好，量大比量少好，这样势必会缩短免疫间隔。如一些养鸡户在预防法氏囊病时，分别在鸡的5d、7d、14d、28d、35d接种，造成抗体不断产生，又不断被中和，使鸡的抗体始终维持在较低水平，出现常接种却常发病的尴尬现象。
7 免疫接种疫苗种类多少的问题
随着养殖业的发展，各地间饲料、兽药及相关畜产品贸易频繁来往，一些养殖场不断从外界引种，以此作为招徕客户的招牌？结果呢？“引种等于引病”，老病不断呈现新形式，新病又不断被引入，这使得免疫程序里，需要接种的疫苗种类越来越多，再加上免疫程序不科学，意味着畜禽在饲养过程中要经常进行预防接种，免疫接种次数增加，一是增加了动物的应激，使它们经常处于高负荷接受状态；二还可导致免疫麻痹，降低机体抵抗力和应答能力；三增加了劳动强度和成本。当前，发生的猪无名高热症，就非常值得我们反思现在的免疫程序是否科学？
8 不同疫苗混合使用的问题
在生产实际中，为了减轻劳动强度，减少接种次数，降低对动物造成的应激，多采用二联苗或三联苗等。但由于多联苗产生的抗体水平和保护期不及单苗，因此，一些养殖户就把几种单苗混合起来给动物同时使用，表面看是省力，其实会导致疫苗间出现干扰现象。
9 疫苗与其他生物制品混合使用的问题
疫苗是抗原，因此，只要是以“抗体”为成分的生物制品就不能同时使用，如疫苗与高免卵黄、高免血清、干扰素等，使用时应间隔3～5天。否则，会发生抗原抗体反应，导致免疫失败。
10 免疫接种途径任意变换的问题
如新支二联滴鼻、点眼要比饮水免疫效果好，因为前者可以刺激机体产生局部粘膜免疫。随意变换一是会影响免疫效果；二是会诱发动物发病。
11 国产疫苗和进口疫苗可以不可以混用的问题
如果动物在进行第二次免疫的时候，找不到第一次免疫时使用的品牌的疫苗，可不可以用其它品牌的疫苗来代替呢？答案是肯定的。即便初次免疫使用的是进口疫苗，第二次免疫找不到相同的疫苗，可以使用国产疫苗免疫。因为无论是中国还是德国、美国，同种疾病的病毒是相同的。但据林太明（2007，养猪）报道，从2007年3～5月对福建省7家猪场跟踪发现，由于接种不同厂家的猪蓝耳病疫苗引起猪场发生猪呼吸道病综合征。而发病时都有一个共同的特点就是，发病前1～2个月左右都有免疫过与前期不同生产厂家或品牌的猪蓝耳病疫苗。特别是不同国家的蓝耳病弱毒疫苗尤为明显，7个猪场中有6个是由于免疫不同国家猪蓝耳病弱毒疫苗出现病情的，占发病场数的85．7％。究竟是什么原因引起的，有待于进一步研究。
12 体重与疫苗剂量关系的问题
在养殖生产中，由于饲养管理水平或其他因素的影响，可能畜禽会出现发育均匀度不整齐的问题，在免疫接种时是否需要根据体重来调整对同一日龄动物的疫苗用量呢？其实，无论动物体重的大小，每次免疫时都应注射相同剂量的疫苗，因为每头份疫苗含有相同的病毒，机体会产生相等数量的抗体，所以疫苗的剂量与体重无关。但不同日龄、不同体重的动物，体重大的动物免疫接种剂量要比体重小的动物接种剂量要适当增加。
综上所述，免疫接种是一项复杂而又要求相当细致的工作，在实际操作中，只有观念科学、操作正确、免疫程序合理，才能保证免疫接种后的效果，才不会导致免疫失败。
