转基因食品引发的是非，首先是其安全性。但应该看到，迄今尚无转基因食品给人类健康带来不利影响的充足证据。而转基因技术在改良作物性状、提高产量等方面的贡献，则是有目共睹的。一味强调转基因食品的安全性问题，甚至对其产生无谓的恐惧，显然是不足取的。
实际上，转基因食品在欧洲引发诸多是非，一部分源于欧洲民众对食品安全问题有着特殊的“心理情结”。自英国发现疯牛病以来，欧盟区域内食品安全问题不断，在随后的“二恶英”污染、禽流感、口蹄疫等一连串事件的冲击下，欧洲人在食品安全问题上谨慎了许多。而转基因作物正好是在欧洲人普遍担心食品安全的时期迅速发展起来的，这一过程始终伴随着质疑。此外，对转基因技术缺乏了解，特别是媒体对转基因技术风险的肆意夸大，也让欧洲人因此一直对转基因食品疑虑重重。
转基因食品的是非背后，还隐藏着经济利益的矛盾。据统计，2005年全世界转基因作物种植面积约有9000万公顷，但欧洲只有几十万公顷，其中法国仅有2.2万公顷。不同的经济利益使得一些欧洲国家对转基因食品存在排斥态度，并与赞成的国家产生分歧。
在可以预见的未来，有关转基因食品安全性的辩论和争议在欧洲可能还将继续下去。但分析人士指出，随着证明转基因食品安全性的科研成果不断涌现，有关国家的态度可能会出现微妙变化。即使是在欧盟内部，也有不少国家明确支持发展转基因技术，它们的呼声这几年已越来越高。
