中国渔政管理指挥系统包括计算机网络、业务管理系统和通信指挥系统三部分，其中业务管理系统涵盖了包括渔船管理系统，渔政执法管理系统，渔政队伍和基础设施管理系统，养殖管理系统，水生野生动物保护管理系统，渔业涉外事件、水上安全事故、海难救助和渔政执法信息系统，水产品药物及有毒有害物质残留监控数据处理系统等7个子系统18个业务管理软件。该项系统充分利用现代计算机网络技术，通过网络平台进行渔业审批、信息录入、查询统计分析等业务管理，有利于实现我国渔政（渔业）管理的数字化与网络化，有利于促进信息的互联互通、数据共享和业务协同，将在规范渔业管理、提高渔政执法效率、加强执法监督、提高渔业安全生产通信保障能力、方便服务渔民等方面发挥重要作用。
据农业部渔业局局长李健华介绍，中国渔政管理指挥系统是根据渔业管理的实际，严格按照现行渔业法律法规，借鉴吸收各种渔业管理软件开发经验而设计的，其目的是建立起行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的渔业和渔政管理审批程序。系统中海洋渔船捕捞许可证管理，全国水域滩涂养殖使用证登记系统、渔业行政执法证件管理系统、渔政执法装备和设施管理系统、外国渔船捕捞许可证系统、水生野生动物保护系统等五个模块的管理软件已经在浙江、上海和山东进行了应用试点,已基本符合有关业务管理的各项要求，能够在系统中开展相关的业务工作。
李健华指出，中国渔政管理指挥系统的应用是规范渔政管理程序、提高依法行政能力和执法队伍建设的重要措施，是提高渔业系统办公效率的有效途径，是提高服务渔民、服务渔业能力的重要手段。各级渔业管理部门要按照统筹安排、分级负责、逐步实施的原则，做好中国渔政管理指挥系统的应用推广工作，要把系统安全保障工作放在首要位置，加强协调，狠抓落实，最终目标用两到三年的时间，使系统各个业务管理软件模块在全国各级渔业部门得到应用，并以此为基础，实现渔船审批等管理业务网络化、渔船等基础数据集中动态管理，有效加强渔船管理和渔政执法管理。
