随着区域经济一体化的进程加快，近年来，长三角地区经济交流日益密切，区域统一大市场已基本形成，开展地区间动物防疫及畜产品质量安全监管合作，对加强区域间畜产品产销对接和相关资源共享与信息互通具有十分重要的现实意义。
长三角两省一市动物防疫及畜产品质量安全监管区域一体化互认合作协议主要建立健全了四项机制。
一是建立健全联席会议制度。定期召开会议，协调解决地区间动物防疫工作重大问题，商讨三地关注的工作重点，研究分工合作内容。
二是建立健全市场准入互认制度。实施质量标准一体化管理，加快实现部分标准和政策的互认互通，实现畜禽生产、加工企业备案互认。优化流通监管措施，促进产品流通，实现产销共赢。
三是建立健全打假治劣联动机制。联合开展打假治劣集中行动，提高三地区畜产品质量安全监管力度，逐步建立健全畜产品质量安全监管的长效联动机制。实行企业“黑名单”通报制，联手打击跨区域的违法行为。
四是建立健全资源信息共享平台。建立长三角动物防疫专家信息库、畜禽生产、加工企业数据库、畜禽生产、加工、经营企业质量安全诚信数据库等，共同关注、分析国际畜牧兽医发展动态趋势，实现资源互享。
