重大动物疫病实行公开公布制度后，对于以前搞重大动物疫病封锁的中国国情来说是很棘手的事一是面临国际市场的选择，中国加入世界贸易组织后，畜牧业产品出口额扩增，拉动了国内牧业生产的发展，但面对各国的“列表制度”，我们的肉产品质量、检验检疫项目、大部分经营者的观念等还未跟上。二是大量的国外优质畜禽品种被引进，冲击国内品种的种源，使一些疫病在改良时通过垂直传播蔓延，增加了防疫压力。三是由于对动物疫病一贯实行封锁制，各地的动物疫病隐藏极深，相互间交流少，通报少或者无通报，免疫历史档案记录不全或者无档案记录，有的地方不说别人不了解疫情，就是自己人也不了解疫情。动物疫病解秘后，各级政府领导在重视时缺乏参考资料，缺乏基础性的防疫与消毒意识，缺乏应对重大疫病防控的资金预算，缺乏应对重大疫病防控的经验，在做科学决策时缺乏建立动物防疫行为或行动的论证和论据，导致各种疫病像决堤的水漫延，一发不可收拾。
缺乏事前监测、事后警惕和检查督促及深层次的总结和交流，对重大动物疫病发生后的处理采取的是头痛医头，脚痛医脚，没有预警预后意识我国实行重大动物疫病公开公布制度后不到半年，首先在广西叮?镇发生了禽流感疫情感染人，随后吉林黑山又发生禽流感疫情感染人，四川资阳、内江发生猪链球菌病感染人死亡等事件，很多省(市)、区吸取经验教训，成立了重大动物疫病防控指挥部，以下各级又相应地成立了重大动物疫病防控指挥部，领导力度明显加大，指挥部组织召开了会议，部署了工作，下发了很多文件，把各种应急方案、防疫方案、管理措施制定得井井有条，讲得有声有色，提出了防疫做到“县不漏乡，乡不漏村，村不漏组，组不漏户，户不漏畜(禽)，畜(禽)不漏针，针不漏打，打不漏苗”，要求动物防疫工作中做到“政府保密度，防疫部门保质量”等工作措施，声势浩大，但在工作中由于层层搞批发，最后到基层，村民小组长甩给居民两句话：“大家要打防疫针啊!”“不要吃死肉!”没有宣传教育，没有组织实施，没有村民配合，没有物资保障，人、财、物缺位，动物防疫在一阵风雷声中渐渐远去，防疫检查在听取汇报，简单抽查，以点带面中顺利通过，防疫效果是“针不漏打，打不漏苗，苗不漏效，效不漏好，好不漏报，报不漏假，假不漏吹”。有的地方上级对下级的监督检查中存在：抽查点在非等级公路边的不检查，在道路崎岖不平，走路超过20分钟的地方不检查，在单程行车超过两小时的乡镇(村)不检查，只检查道路交通方便的沿线；表面上说相信地方把防疫搞好了，实际上是怕苦怕累，应付了事。这样自然形成了上有政策，下有对策，动物防疫密度和防疫效果在数天花板中静静地达到90%以上。对人畜共患病疫区没有做到连续3年~5年的事前监测、事后警惕和检查督促。 动物防疫措施缺乏针对性，没有因地制宜制定免疫接种程序，大多采用“一刀切”，造成人为疫源增加，疲于防疫，而防疫效果不佳大多数省区的防疫队伍在执行重大动物疫病公开公布制度后得到扩充，畜牧业生产取得了长足的发展，但有的地方增加了队伍人员后，刚开始一两年干劲十足，可三四年后个个老成持重，安于现状，缺乏创新，有的人整天一幅泥菩萨样，只想享受国家工资、福利待遇，对危害人民财产安全的动物疫病不闻不问，泰然处之。有的人在从事技术服务工作时，人未动，先盘算着如何享受公款，如何报销差旅。有的人甚至与单位领导讨价还价，最后把从事技术服务工作的事交由根本不能保证技术服务质量的非专业人员或为了谋取经济利益的、对疫苗的使用和保管都不会的个体经营者去做，把本来减免费的防疫转嫁成增收费防疫。动物疫病种类很多，多呈散发性，个体间又有差异，而动物强制免疫是强调统一免疫某病种，造成有的地方该免的病未免，不该免的免了，人为地增加了新疫源，致使一个地方多种疫病共存，不知什么时候暴发和流行什么病，无周详的免疫计划和免疫程序，村级动物防疫员在疫区内疲于防疫，而防疫成效不佳，给部分防疫员和农户心里留下“防疫也死，不防疫也死，干脆顺其自然”的阴影；少数村级防疫员没有吃苦耐劳的精神，工作时三心二意，蜻蜓点水，缺乏真抓实干，更坏的是有的村级防疫员只记得索取报酬，把自己应做的工作、工作质量的好坏和所承担的职责、义务忘到了九霄云外，导致政府在做了防疫经费预算后，防疫工作在深入开展过程中呈斑点状，好的地方奇好，差的地方特差，而总的防疫效果没有比原来提高，加上督促检查欠深度，使防疫工作成了走过场。 动物防疫对畜牧业生产安全和人体健康安全没有受到足够的重视，无公害绿色食品推广难度大首先农村畜禽饲养分散，规模养殖比重小，饲养周期短，养殖动态变化快，部分农户缺乏防疫主动性，规模养殖户强制免疫阻力大，动物防疫费收取难，防疫员劳务补贴低，动物防疫法律法规贯彻执行不到位等因素制约着防疫成效。其中的任何一个因子都可影响防疫密度，都能为防疫效果留下隐患。尽管有的地方将预防动物疫病纳入村规民约管理，签订责任状，但宣传其重要性和必要性，突出其作用和地位的宣传力度不够，而且它不是突击性工作，是一项长期而艰巨的任务，因此在欠发达地区出现居民食用病死或死因不明的畜（禽）产品后而中毒甚至发病死亡的事件可想而知。在以人为本，建设和谐社会的今天，不得不说这是防疫制度、防疫措施、防疫方式在实施中的“空当”。其次饲料兽药的乱推滥用，养殖户技术水平低无法“设防”，畜牧兽医技术推广机构的不健全和不稳固，科技投入、科技创新配置及相应的政策、激励机制落后，落后的检验检疫规程和检疫标准等因素都能使畜牧业生产处于动荡之中。不是“瘦肉精”中毒，就是兽药残留量超标，要不然就是先进的畜牧业生产技术掌握在少数人手中，无法转变成生产力，或推广违科学的畜牧业生产技术，危害畜牧业安全。没有先进的检疫配置，按照老掉牙的“割三刀”检疫操作技术，病害肉品、有毒肉品流行于市场，“品牌肉”、“无公害食品”被束之高阁，无人问津，这些现象的存在，怎么能谈得上畜牧业生产安全和人体健康安全。
农户自我封闭、封锁的意识与动物防疫格格不入，造成防疫密度与防疫效果差异部分农户由于居住偏远、分散，注重家庭卫生和人畜公共卫生，传统中草药防疫等天然防疫屏障好，又采取自繁自养，自宰自食，不从市场购进畜禽及其产品等自我封闭式饲养，对病死及死因不明畜禽深埋，自发地建立起简单的无规定动物疫病区，连续3年~5年无重大动物疫病发生。像这样的地方，村级动物防治员到户服务时，村民不愿接受，但是监督检查人员去检查时会给村级防治员说好话———“我们全部打完了”，可是一旦发生疫病全都推给村级防治员和乡镇畜牧兽医站。有的地方出现检查猪的防疫密度很高，可农户存栏的猪都发病不断，深入询问得知是防治员使用的疫苗已解冻一周了；有的山区农村养殖户为减少麻烦，干脆派代表通知动物防治员不打预防了，虽然疫情不断，生活困难，但等动物防治员登门到户宣传防疫时，把畜禽放跑，不积极配合。有的人甚至在居民中作反宣传，把动物防疫反应渲染成打（防疫）针致病，把万分之一的防疫反应死亡夸大渲染成是动物防治员的特意行为，搞得人心惶惶。
此外疫苗的生产、经营，疫苗的毒株测定，长期使用某厂生产的单一苗，使用的疫苗与疾病不配型等因素，都极大地影响着动物防疫效果。如果没有稳健的机制环境和良性的体制构架，谁能保证动物防疫密度能达100%，防疫效果能达90%以上？
