该所利用病毒反向基因操作技术，研制出国际上最新型的H5N1基因重组禽流感灭活工程疫苗，集良好的生物安全性、抗原匹配性和鸡胚适应性于一身，比原有的H5N2疫苗保护期延长4个月以上，对鸭、鹅等水禽具有良好的免疫原性，首次成功解决了水禽缺乏有效禽流感疫苗这一世界性难题，是目前全球唯一大规模应用的人类／动物流感病毒反向遗传操作工程疫苗，已累计使用65亿羽份以上，占全国用量的70%（其余30%也均由该所提供技术进行生产），其中出口到越南3.4亿羽份，挽回经济损失400亿元，极大地提高了中国禽流感的预防控制能力和国际地位。
2005年10月，在国际上首次研制出禽流感－新城疫重组二联活载体双价疫苗。该疫苗一次免疫可预防两种重大禽病，安全性更高、使用更方便、成本更低廉。
近日，又研制成功3种新型禽流感疫苗，这3种疫苗联合使用，优势互补，为根除高致病性禽流感提供坚实的技术保障和物质保障。同时新推出H5亚型禽流感快速诊断免疫试纸条，仅需十几分钟即能快速检测出H5亚型禽流感病毒，对疫情的快速防控具有重大意义。
