为贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要》，按照新形势下现代渔业发展的新要求，农业部历时三年，经过前期战略研究和深入调研，多方面、多形式征求各有关部门的意见，并反复修改完善，编制完成了《中长期渔业科技发展规划（2006年~2020年）》（以下简称《规划》）。
“十五”期间，我国渔业科技成绩显著，渔业科技进步贡献率已超过50%，以品种培育、健康养殖技术为重点的科技攻关成效明显，以主导品种、
主推技术为重点的渔业科技入户工程深入开展，渔业科研体系建设稳步推进，科研条件进一步改善，科技队伍素质不断提高，特别是在养殖、加工、捕捞和资源养护等重要领域，一大批科技成果得到应用，产生了良好的经济效益和社会效益。
尽管如此，面对我国建设现代渔业和社会主义新农村的历史任务，面对世界科学技术的快速发展，渔业科技发展还存在许多不相适应的地方，主要表现为：渔业科技总体投入不足，科技创新能力较弱；成果转化率低，科技与产业发展结合不够紧密；科技力量集成整合不够，缺乏行业统筹规划；水产技术推广体系薄弱，渔民科技文化素质不高。
《规划》提出，新时期将以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，围绕社会主义新农村建设和发展现代渔业的战略目标，按照“自主创新、加速转化、突破瓶颈、提升产业、率先跨越”的指导方针，以提升渔业科技创新能力为核心，加快关键技术突破、技术系统集成和科技成果转化，促进渔业增长方式转变，优化结构，提高质量，增加效益，保障安全，为实现“确保水产品安全供给，确保渔民持续增收；促进渔业可持续发展，促进渔区社会和谐发展”的“十一五”渔业发展目标和扎实推进现代渔业建设提供强有力的科技支撑。
《规划》提出的总体目标是：到2020年，形成结构完整、运行高效的渔业科技创新体系，渔业科技的整体实力进入世界前列，渔业科技投入得到较快增长，科技成果转化率和科技进步贡献率均达到63％以上，实现传统渔业向现代渔业的转变。“十一五”目标是：到2010年，构建出我国渔业科技创新体系基本框架，渔业科技成果转化率达到50%以上，渔业科技进步贡献率在现有50％的基础上提高5个百分点，促进渔业集约化、标准化、产业化程度进一步提高。
同时，《规划》从现代渔业发展的全局和战略角度出发，在提出了中长期重点任务的基础上，进一步明确了“十一五”期间重点工作。一是主攻六大科技创新方向，即水产主导品种培育、重大疫病防控、健康养殖、水产品质量安全控制、水生生物资源合理利用与生态环境保护以及渔业节能减排技术；二是整合四大科研攻关项目，即养殖水产品质量安全保障技术研究与示范、水产品加工关键技术研究与产业化示范、重点水域水生生物资源评估与养护技术研究和渔业节能减排关键技术研究与重大装备开发项目；三是实施三大科技示范推广工程，即现代产业技术体系研发示范工程、渔业科技入户工程和新型渔民科技培训工程。
