原修订草案规定，动物卫生监督机构的“官方兽医”具体实施动物、动物产品检疫，负责出具检疫证明。
初次审议时，有些常委会组成人员对“官方兽医”的称谓提出不同意见。全国人大法律委同农业与农村委员会和国务院法制办对常委会组成人员的意见进行了认真研究，考虑到有包括我国在内的168个国家和地区参加的国际动物卫生组织规定，应由国家兽医主管部门授权的官方兽医执行动物卫生检疫等动物卫生监督任务；《国务院关于推进兽医管理体制改革的若干意见》也已明确提出逐步推行官方兽医制度，这项制度已经实行。据此，法律委建议，对“官方兽医”的称谓以不作改动为宜。
原修订草案规定：“动物产品经检疫合格作为食品的，其卫生检验、监督，适用《中华人民共和国食品卫生法》。”有的常委委员和地方、部门提出，动物产品作为食品的，其卫生检验、监督适用食品卫生法，这在食品卫生法中已有明确规定，本法可以不再规定。法律委经同农业与农村委员会和国务院法制办、农业部研究，建议删去这一款。
有些常委委员、农业与农村委员会和有的地方提出，为了增强动物疫病防治工作的科学性、有效性，建立健全动物疫病风险评估制度是必要的，本法对此应作出规定。法律委经同农业与农村委员会和国务院法制办、农业部研究，建议增加规定：“国务院兽医主管部门对动物疫病状况进行风险评估，根据评估结果制定相应的动物疫病预防、控制措施。”
原修订草案规定，动物饲养场、养殖小区与动物屠宰、经营、隔离场所，动物产品生产、经营、加工、贮藏场所，以及动物和动物产品无害化处理场所，应当取得县级以上地方政府兽医主管部门颁发的动物防疫条件合格证。有些常委委员、农业与农村委员会和有些地方、部门提出，为了预防动物疫病的发生，对动物饲养场等重点场所的动物防疫条件进行审核，并核发动物防疫条件合格证，是必要的。但核发动物防疫条件合格证属于行政许可，应按行政许可法的规定，明确核发合格证的法定条件和程序。法律委经同农业与农村委员会和国务院法制办、农业部研究，建议对这一条加以修改补充，对核发动物防疫条件合格证的适用范围、条件、程序等作了明确规定。
有的常委会组成人员、农业与农村委员会和地方提出，为了有利于做好对农村散养动物的强制免疫工作，应建立因强制免疫造成动物应激死亡的补偿机制。法律委经同农业与农村委员会和国务院法制办、农业部、财政部研究，建议增加规定：“因依法实施强制免疫造成动物应激死亡的，给予补偿。具体补偿标准和办法由国务院财政部门会同有关部门制定。”
