兽药是预防、治疗和诊断动物疾病的特殊商品。兽药的安全合理使用，可以有效降低动物发病死亡率，提高畜牧业和水产养殖业效益，增加农民收入。但若违规使用，则有可能造成兽药残留，给动物性食品安全造成隐患。为加强兽药残留监控，保证畜禽产品和水产品质量安全，维护广大人民群众身体健康，《兽药管理条例》对兽药残留监控作出明确规定，要求研制用于食用动物的新兽药，必须进行兽药残留试验并提供休药期、最高残留限量标准、残留检测方法及其制定依据等资料。兽药使用单位必须遵守国务院兽医行政管理部门制定的兽药安全使用规定，并建立用药记录，严格执行休药期规定。禁止使用假、劣兽药以及国务院兽医行政管理部门禁止使用的药品和其他化合物目录范围内的药品和其他化合物。禁止在饲料和动物饮用水中添加激素类药品和国务院兽医行政管理部门规定的其他禁用药品。对违反本条例规定，销售含有违禁药物和兽药残留超标的动物产品用于食品消费的，给予严厉处罚。
1999年3月，农业部与国家质检总局共同制定了《中华人民共和国动物及动物源食品中残留物质监控计划》，实行养殖用药到动物产品加工各环节的全程监管，该计划已得到欧盟、美、日本等贸易国的认可。根据《兽药管理条例》和《残留物质监控计划》，十几年来，农业部不断完善兽药法规、提高残留检测能力建设、建立兽药残留标准体系、强化兽药使用监管、组织实施残留年度监测计划等，整体推进我国兽药残留监控工作，取得明显成效。目前，农业部已发布《饲料药物添加剂使用规范》、《食品动物禁用的兽药及其它化合物清单》、《动物性食品中兽药最高残留限量》和《兽药休药期规定》。已发布的食品动物禁用的兽药及其它化合物共计42个品种，涉及β-兴奋剂类、性激素类、具有雌激素样作用的物质、硝基呋喃类、硝基咪唑类、硝基化合物、催眠、镇静类、氯霉素、氨苯砜及制剂、各种汞制剂以及一些同时用作兽药的农药制品和化工染料等。同时，通过《中国兽药典》，依法规定了畜禽用抗微生物、抗寄生虫、消毒防腐等15类756种兽药、36种水产养殖用药及14种养蜂业、养蚕业用药的作用与用途、用法与用量、注意事项、不良反应、残留限量、休药期等内容。自1999年起，农业部每年制定年度残留监测计划。安排专项经费，对重点检测产品、重点检测药物和重点监测地区开展残留监测，建立了残留超标样品追溯制度，对超标样品组织后续跟踪抽样检测，对造成残留超标责任人依法采取处罚措施，并发布了年度《中国兽药残留监控状况报告》。
下一步，农业部将进一步强化养殖环节用药管理，加大兽药残留监控力度。一是积极组织开展兽用疫苗、抗生素再评价工作，加强细菌耐药性监测，强化兽药不良反应报告收集、评价及控制工作。二是监督指导养殖企业和农户建立用药记录制度，完善兽药使用档案，监督养殖企业和个人严格执行休药期规定。三是加快执业兽医队伍建设，推行兽用处方药管理制度，明确用药责任主体，规范兽医用药行为。四是加大兽药法律法规和科普知识宣传力度，普及安全用药知识，提高企业和农户识别假兽药的能力，科学合理用药。五是继续加大兽药残留监控力度，按照国家兽药残留监控计划，制定辖区兽药残留监控方案，扩大兽药残留抽检范围和批次，建立残留超标产品追溯制度，定期发布兽药残留状况报告。六是加强兽药残留技术和监测方法研究工作，不断提高兽药残留监控技术水平。
