农业部要求洪涝灾区的兽医部门要组织灾民及时转移受淹畜禽，指导受灾养殖场（户）消毒工作。指导规模养殖场、养殖小区加强防疫管理，进一步完善卫生消毒、病死畜禽和粪污无害化处理等防疫制度。切实抓好高致病性禽流感等重大动物疫病免疫工作，防止发生疫情。
通知强调，近期特别要加强与水灾关系密切的炭疽、血吸虫病等人畜共患病和寄生虫病的监测工作，及时汇总、分析灾区动物疫情发展态势，及时发现疫情，排除疫情隐患。
通知要求各级兽医部门切实履行检疫监督职责，严格执法，严禁收购、加工、运输和经营病死及死因不明畜禽，确保病死畜禽不出场、不出户。严格对病（淹）死畜禽采取“四不准一处理”处置措施，即不准宰杀、不准食用、不准出售、不准转运，对死亡畜禽必须进行无害化处理。加强对流出动物及动物产品的监督检查，防止疫情跨区域传播。
通知要求，各地要派出得力人员到灾区防控一线进行指导和督促检查，重点检查病死畜禽无害化处理、检疫、免疫、消毒、疫情监测和报告等关键措施的落实情况。农业部重大动物疫病防控定点联系各工作组将对各受灾地区防控工作进行全面检查和指导，及时掌握受灾地区防控工作进展情况。
