补贴促进了种畜禽存栏量稳步增长。2006年上半年，生猪、家禽价格持续走低，疫病形势复杂严峻，种畜禽场陷入困境。
但由于实施了畜禽良种补贴项目，为稳定和发展全省畜禽良种繁育体系发挥了积极作用。各种畜禽场利用良种补贴资金，加快了品种的更新和核心群的培育，各种畜禽场全面超额完成了项目下达的保有任务。同时，在良种补贴专项资金的资助和扶持下，全省地方品种资源得到了有效保护。
提高了畜禽良种质量。各畜禽场抓住畜产品价格走低的有利时机，除良种补贴资金外，部分场还自筹资金，完善育种设施，购置育种仪器设备，加快良种引进与更新，加大选育扩繁的力度，进一步优化种群结构，提高良种质量。2006年，52个种畜禽场共引进优秀种猪1410头、优质种禽5.4万羽。
有效保证了良种畜禽推广。各种畜禽场全年向社会推广优良种猪11.53万头，推广优质种禽、商品苗禽2372万羽，为养殖业的发展和农民增收打下了坚实的基础。同时，补贴还强化了种畜禽场育种技术规范和管理制度建设。各种畜禽场都配备了专门技术人员，严格按照规范要求，积极搞好种畜禽的选育及测定工作，做到档案完整、记录全面，为选种育种提供了依据。在疫病防疫方面，认真做好疫苗的接种登记，建立了完整的免疫记录，同时加强消毒灭源工作。
