目前，伊犁河谷有牲畜600多万头（只）、家禽1000万只，是名符其实的牧业大州。通过几十年的发展，州直各地建立了比较科学完善的动物防疫体系与机制。2005年底发生在新源县的禽流感事件最终得以安全妥善处置，说明伊犁的动物防疫体系与应急处理能力完全可以解决应对本地大面积禽流感、口蹄疫等突发事件疫情。
为更加有效防控重大动物疫病发生，州政府决定建立动物防疫责任追究制度。根据规定，有下列情形之一，并导致重大动物疫情发生的，将追究相关负责人责任：各级政府与所属单位未签订重大动物疫病防控责任书，责任制未落实的；未及时组织重大动物疫病强制免疫的；在重大动物疫病防控过程中，因组织不力、指挥不当，造成较大损失或者人感染重大动物疫病的；各级重大动物疫病防治指挥部有关成员单位不服从重大动物疫病指挥调度的，出现重大动物疫病未及时到岗到位甚至临阵退缩的；各级政府及有关部门未建立健全动物防疫体系的，免疫、疫情测报等政策不明确或动物防疫经费落实不到位的；不履行应急处置职责，对疫点、疫区和受威胁区没有采取预防、控制、扑灭措施，导致疫情扩散蔓延的等。
