意见要求，到2007年底，“两湖一河”流域畜禽规模养殖粪便资源化利用率达到90%，无害化处理率达到40%，污水处理利用率达到30%；南水北调沿线重点保护区畜禽规模养殖粪便无害化处理率达到60%，污水处理利用率达到50%，大型畜禽养殖场（区）环境污染得到有效控制。
近年来，“两湖一河”流域畜禽规模养殖发展迅速。到2006年，区域内有畜禽规模养殖场（区）1.1万个，养殖量占该区域畜禽养殖总量的比重达60%。畜禽规模养殖在促进畜牧业发展的同时，对区域环境的污染也呈加重趋势，个别地方粪便和污水的排放量远远超过了环境承载消纳能力。
南水北调沿线核心保护区内，严禁新建畜禽养殖场（区），已有的畜禽养殖场（区）要逐步转移出去；重点保护区内，要控制新建畜禽养殖场（区），保持养殖总量基本稳定；一般保护区内，新建畜禽养殖场（区）应距主要入湖河流1公里以上，合理控制饲养规模。
“两湖一河”流域所有规模养殖场（区）都要根据生产规模、养殖品种和所处位置，采用多种方式，建设相配套的治污工程。大型畜禽养殖场（区）重点采用大型沼气工程、有机肥生产、沼渣沼液综合利用相结合的治理方式；中小型畜禽养殖场（区）重点推广中小沼气工程、多级氧化塘或集中存储沉淀处理污水、堆积发酵处理粪便的治理方式。
