监测方案明确了重大动物疫病的监测要求以及国家监测与地方监测相结合、集中监测和日常监测相结合的原则，对禽流感、口蹄疫、猪瘟、鸡新城疫、家畜布鲁氏菌病、牛结核病、血吸虫病和狂犬病等重大动物疫病的监测范围、时间、数量、检测方法及结果的处理与报告作了具体规定。方案要求各地制定具体监测实施方案。要做好动物疫情监测、流行病学调查及检测技术培训工作。
免疫方案明确了畜禽疫病的免疫要求，规定要对所有家禽进行禽流感强制免疫，存栏家禽有效免疫抗体合格率达到70％以上；对猪、牛、羊等家畜进行O型口蹄疫强制免疫，对所有牛羊进行亚洲I型口蹄疫强制免疫，存栏家畜的有效免疫抗体合格率要达到70％以上；对所有猪实施猪瘟全面免疫，有效免疫抗体合格率达到70%以上；对所有鸡实施新城疫全面免疫，有效免疫抗体合格率达到70%以上；对所有犬实施狂犬病全面免疫；对5年内发生过炭疽疫情地区的易感牲畜进行炭疽病免疫；对布鲁氏菌病和猪流行性乙型脑炎流行地区易感家畜进行免疫。
免疫方案对以上几种主要动物疫病的免疫程序、免疫方法、疫苗使用、免疫时间、免疫效果评价等作了详细规定。同时要求各级兽医行政管理部门要对本区域家畜（禽）建立完整的防疫档案，对每一个养殖户畜（禽）存栏、出栏及免疫等情况必须有详细记录。各地可结合本地实际情况和需要制定相应的免疫实施方案。
