仔猪的免疫系统由具有免疫作用的细胞及其相关组织和器官组成，是产生主动免疫力的物质基础，它包括中枢和外周免疫器官。仔猪的中枢免疫器官包括骨桩和胸腺;这是淋巴细胞等免疫细胞发生、分化和成熟的地方。胸腺一方面作为T细胞成熟的场所，另方面也产生胸腺激素。外周免疫器官包括脾脏、淋巴结和粘膜相关淋巴组织，这是成熟的Ｔ细胞和B细胞定居、增殖和对抗原刺激产生免疫应答的场所。脾脏的主要作用有:滤过血液作用、滞留淋巴细胞作用、作为产生淋巴结细胞的主要场所的作用以及产生吞噬细胞增强激素作用。淋巴结一方面能过滤和消除异物，另方面也是产生免疫应答的场所。而粘膜相关淋巴组织含有丰富的T细胞、B细胞及巨噬细胞等。粘膜相关淋巴组织包括派亚氏腺(PP)、淋巴小结和弥散淋巴组织。派亚氏腺主要分布于小肠，兼有抗原识别与免疫反应诱发功能(Binns和Pabst,1994)。它在肠道免疫系统中占最重要的地位，在结构上可分为三个区域:M细胞区、B细胞区和T细胞区。
非特异性免疫反应是先天性的，非特异免疫反应的优势是当病原菌入侵时，能迅速动员和限制病原菌在入侵的部位，吞噬细胞例如嗜中性白细胞和巨噬细胞以及细胞杀灭溶解的细胞是仔猪主要的非特异免疫细胞。仔猪防止细菌感染的第一道防线是血液中的嗜中性粒细胞，它们占血中淋巴细胞的50%(Sandborg和Smolen,1988)。仔猪在出生时已有嗜中性粒细胞并在最初几周内数目迅速增加，但其趋化反应性却较低(Stokes等，1992)。白细胞表型和功能变化最大是在出生后的第7天。新生仔猪白细胞亚群不同于成年猪，Hoskinson等(1990)认为，尽管仔猪一出生就有嗜中性白细胞，但开始时的功能和表型不同于成年猪，未能有效地发挥作用是由于新生的仔猪免疫系统发育还未成熟的结果，与其他因素的抑制作用，例如可的松、前列腺素等的影响无关。另一种可能性是刚出生时相对缺乏对分裂原刺激反应是由于仔猪的T淋巴细胞被抑制。仔猪在出生后前几周所存在的嗜中性自细胞的吞噬功能不明显(Hoskinson等，1990)，即使它具有杀菌能力，但此能力也低于成年猪的嗜中性粒白细胞。关于仔猪出生后1～2周内血液中嗜中性白细胞的功能状态和实际杀菌能力的看法仍有分歧。
象所有的白细胞一样，嗜中性白细胞来自于骨髓，在不同的细胞激动素的影响下，分化和成熟为嗜中性白细胞。嗜中性白细胞有几种杀菌的防卫机制，它包括氧化和非氧化杀灭过程。当嗜中性白细胞吞噬病原菌时，它的耗氧量迅速增加，通过一系列的氧化作用，使病原菌被杀灭。然而，所产生的氧化物是有毒性的，会对周围组织造成破坏，因此，嗜中性白细胞吞噬反应时所产生的氧化物及其去毒是被紧密调控的(Blecha,1998)。
除了氧化作用杀灭病原菌外，嗜中性白细胞和其他吞噬细胞还有另一种非氧化的防卫机制，它包括酶和颗粒相关的抗菌多肤的杀菌作用。这些酶有溶菌酶、蛋白酶和磷酸脂酶。抗菌多肽是一种古老而基本的防卫机制，所有的生物(动物和植物)都使用这一机制防卫杀菌。猪的嗜中性白细胞产生7种抗菌多肽，猪的抗菌多肽的发现是几年前的事(Blecha，1998)，但由于它提供了一种新的免疫防卫的措施，这方面的研究进展迅速。
巨嗜细胞是一种大型的吞噬白细胞，它也是在骨髓中产生和分化的，然后通过血液循环分散于全身各个部分(Carrasco等，1995)，它是防卫和组织修补的重要介质，通过分泌几种细胞激动剂和抗原的存在，成为免疫反应调节的关键。巨嗜细胞分布很广，但它们不是同一群细胞，不同组织甚至同一组织不同部分的巨嗜细胞的功能和活性可能差异很大。仔猪肺部至少有三种巨嗜细胞，初生仔猪肺部含有很少的巨嗜细胞，但几天以后，大量的巨嗜细胞出现，2周龄时达到成年猪的水平(Rothlein等，1981)。同样，刚出生仔猪血液内分化成熟的巨嗜细胞很少，但3～7日龄时开始出现分化成熟。与人和大鼠不同，猪肺血管内的巨嗜细胞对于清除血液中产生的细菌有重要作用。淋巴细胞中能够自动杀灭肿瘤或病毒感染细胞的非T、非B细胞的一类细胞称为自然杀手细胞(natural killer cell)。刚出生仔猪的自然杀手细胞是没有活性的，需要2～3周时间才能发育成熟(Blecha等，1998)，猪的自然杀手细胞的另一个特殊的地方是分析测定活性的时间很长，人和灵长动物的自然杀手细胞只需要与靶细胞一起孵育4小时，而猪的自然杀手细胞与靶细胞孵育的时间则需要4～5倍人的自然杀手细胞孵育时间才能测定(Cepica和Derbyshire,1984)。
因此，从嗜中性白细胞、巨噬细胞和自然杀手细胞的情况看，尽管仔猪刚出生时已经有了这些免疫细胞，但开始时，它们并不具有杀灭细菌的能力，只有分化成熟以后才具有这种能力。仔猪的非特异免疫系统的发育成熟和建立，至少应在7～14日龄后才能完成。
