有固相与液相两种方式，操作虽然不同，但是其原理几乎是一样的。化学合成法虽然发展较早，也比较成熟，但仍有许多缺点，包括①消旋化现象；②侧链官能团需要保护；③整体效率低；④使用大量的有毒溶剂，且成本高昂。因此化学合成法多半用在实验室，或是高价肽的生产上。
2 DNA重组法 没有化学合成法的缺点，且一旦整合成系统建立好，将可以大量的重复性生产所要的活性肽。但目前的技术在基因的表达与产品回收上仍有问题，同时该法生产的活性肽种类也有限制，不能生产酰胺肽，也不适合制备短链肽。
3 酶法 此法则有许多的优点，包括反应较温和、使用的试剂毒性较低、反应具有空间立体性，产物没有消旋化现象、反应位点具有方向性等。然而，酶发也有局限，利用蛋白酶催化活性肽的合成，最明显的副作用是蛋白酶本身的水解作用，会造成许多不必要的产物生成，此外缺乏适合使用的蛋白酶、产率低等技术问题也限制酶法的广泛应用。
4 微生物发酵法
此法是通过微生物的生化反应将大豆蛋白转化为大豆肽。此法生产的肽不是将大豆蛋白质简单切成小肽，而是通过微生物作用可以对某些苦味基因进行修饰和转移、重组、在发酵过程中，小肽氨基酸之间又经过代谢、同化，将大豆肽转化为生物活性肽。
