发病机理：
猪流感病毒至少有四种血清型，这些血清型的病毒都可引起各自的免疫反应，但互相之间不存在交叉免疫性。这样，猪群就可能先后感染不同血清型的猪流感，也可能同时感染上一种以上的猪流感。这种病的临床爆发通常发生在冬季，但其它季节也会以亚临床的形式在猪群中传播，有时还会引起小规模的发病。
导致猪流感的病原是与A型流感病毒关系很近的一些病毒，这种病毒能够改变自身的抗原结构，从而突变出新的毒株。通过病毒表面的两种记为"H"和"N"的蛋白质，可将病毒分成多种血清型。导致猪只发病的有H1N1、H1N2和H3N2型。其中每一种血清型当中又有不同的毒株，这些毒株之间致病性也各不相同。
该病潜伏期非常短，只有12～48小时。
对母猪繁殖的影响：
如果母猪配种后21天之内感染病毒，此时如果胚胎还没有着床，会造成21天返情；如果胚胎已经在交配后14～16天着床，就会造成妊娠中断，出现延迟的返情。如果母猪在妊娠期前五周感染病毒，会造成胚胎死亡与吸收，母猪会表现为假怀孕，或产仔数减少。此后整个妊娠期母猪感染病毒都可能造成流产或分娩时娩出晚期木乃伊胎。该病对公猪也会产生影响。感染会造成公猪体温升高，从而降低精子品质，受精率持续降低4～5周。
在大型猪群中猪流感可发演变为地方性疾病，不时地造成繁殖方面地问题。而且即使猪群感染过一种毒株后，仍然会感染另外一种毒株。猪群对流感病毒的免疫期常常很短（6个月），而且繁殖群的免疫状况在不同时期也会有很大差异。
