“转基因食品中的标记基因没有直接毒性，目前也没有因转基因引起的食物过敏情况发生。”中国农业大学食品科学与营养学院院长罗云波教授介绍说，事实上，与传统食品相比，转基因食品在微生物毒素、农药残留等方面更安全。
罗云波说，由于减少了害虫对玉米籽粒的伤害，减少了微生物侵染的几率，转基因抗虫玉米比非转基因常规玉米的伏马毒素、黄曲霉毒素等微生物毒素含量低。此外，由于转基因食品比非转基因常规食品在农药施用数量和次数上也明显降低，所以农药残留减少，食品的安全性在一定程度上提高。
研究还表明，改变营养成分的转基因食品比非转基因常规食品中营养成分增加了。例如，转入增加胡萝卜素基因的水稻，可以使水稻中的胡萝卜素增加，对克服贫困地区儿童的眼睛疾病将起到很大作用。
有人担心，如果人吃了转基因食品，其中的标记基因会转移到人体。罗云波介绍，转基因食物中的ＤＮＡ被降解成小片断或核苷酸，在进入消化道后会迅速被降解。即使ＤＮＡ完整存在，其转移并整合的过程也非常复杂，不可能被保存下来。
