大豆异黄酮吸收和代谢的详细途径目前还不清楚。动物试验表明，异黄酮在吸收之前首先要经历变形，鸡豆黄素和芒柄花黄素被胃肠道中的微生物脱去C′－4位的氧甲基后分别生成染料木素和大豆黄素。大豆中大部分以糖苷形式存在的染料木素和大豆黄素在结肠细菌作用下水解β－糖苷键，脱去糖基转变为游离甙元才可以被胃肠黏膜直接吸收，但吸收机理不清楚。染料木素和大豆黄素也可进一步被细菌分解，转变成雌马酚(Equol)、去甲基安哥拉紫檀素(O－desmethylangolensis)、二氢染料木素(Dihydrogenistein)和对乙基苯酚(p－ethylphenol)等代谢产物后被吸收。雌马酚在动物体内相对稳定，不再降解，随尿、粪或乳汁排出体外。与血球雌激素相似，异黄酮主要经肾排出。乳和肉中也含有大豆异黄酮及其代谢产物。
植物雌激素在体内的吸收和代谢速率与动物种类有关。一般情况下，单胃动物慢于复胃动物。给大鼠口服或静脉注射大豆黄酮，24h后粪中的回收率约为20％～35％，尿中排出量为35％～70％。猪口服异黄酮8h后，尿中排出量约为55％，其中的22％已转化为雌马酚。而在反刍动物体内，芒柄花素经瘤胃微生物作用，脱甲基变成大豆黄酮，后者再进一步代谢，约70％还原成雌马酚。动物对异黄酮的吸收和代谢过程以及代谢产物的结构和功能还有待进一步研究。
