通过接种疫苗来预防高致命H5N1病毒在禽类中扩散，国际上一直对此具有较大争议。有科学家认为，这将导致出现一种被称为“病毒秘密传播”的现象，即人们容易对接种过疫苗的禽类掉以轻心，病毒则会悄无声息地在禽类中传播曼延，最后导致爆发。通常接种防护水平越高，人们就越不容易发现病毒的传播。
英国爱丁堡大学及华威大学的科学家发现，如果疫苗接种的平均概率达不到同一群体的95%%，即便是使用非常有效的疫苗，也无法阻止鸡群出现禽流感病毒“秘密传播”现象。但在现实的大多数情况下，同一鸡群的预防接种率很少能达到总数的90%%。因此科学家建议，不管鸡群的接种防护水平有多高，对未注射疫苗的禽类做出标志严密观察，是应对禽流感“秘密传播”的一种有效手段。
爱丁堡大学的尼克•萨维尔博士认为，接种疫苗确实可以降低禽类感染病毒的机会，但研究表明，接种必须完全彻底，否则结果会更糟。疫苗接种只是防护手段之一，还必须结合生物安全、监控、诊断、教育、限制禽类的活动范围以及彻底扑杀被感染禽类等一整套防护措施，才能有效防止禽流感的传播。
