由于现行兽医管理体制已明显不适应新形势、新任务的要求，尤其是机构不健全、职责不清晰、法律不完善等问题，严重制约了动物疫病防治能力和动物产品质量安全水平的提高。更名后的中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，将在保持原有畜牧科研优势的基础上，加强兽医学科建设，优先研究公共安全与卫生支撑技术，启动农业部结核病与宠物疫病诊断实验室建设，逐步发展成为宠物源性人畜共患病和宠物重大疫病防治、诊断和监测的研究中心；加强公共安全与卫生战略研究，重点研究有关法律法规、国际动态等；针对我国尚未发生的外来动物疫病建立非依赖病原的快速诊断技术，尽快建立外来动物疫病综合防治技术研究，为这些疫病的早期发现、诊断和控制奠定基础。
成立于1957年的中国农业科学院畜牧研究所，拥有畜牧科学一级学科博士学位点与博士后流动站、动物营养学国家重点实验室、国家畜禽分子遗传育种中心和国家牛奶质量改良中心等国家级人才培养基地和开放型科研平台，组建了以农业部奶及奶制品监督检验测试中心和动物转基因监督检验测试中心为主的第三方社会公益性畜产品安全技术监测体系，建成了动物营养与饲料、动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、草业科学等4个学科，重点开展了应用基础研究、应用研究和开发研究，在研究解决我国畜牧业生产中带有普遍性、方向性、关键性和基础性的重大科学技术难题方面做出了贡献。
建所49年来，该所累计取得科研成果168项，获得国家级奖励22项，省部级奖励74项，其他奖励30项，通过国家审定的畜禽、牧草新品种11个，获国家专利8项。
