目标管理创新机制。从2004年开始，该市将整个农村工作量化为1000分，而且下不保底，只扣分不加分，四大疫病免疫率每下降1%扣1分、常规疫病每一项不达标扣5分，四大疫病每发生一起疫情扣50分。
防疫经费纳入财政预算创新机制。2004年以前，九台市每年向每户农民收取18元的动物防疫费，2004年以后，这笔费用全部由市政府买单。现在市财政每年拿出250万元用于防疫、乡级防疫工作人员、村级防疫工作人员工资及禽流感、口蹄疫、疫苗贮运等17项检免疫工作。
动物防疫工作创新机制。九台市现已建全了市、乡、村、社四位一体的防疫服务体系。成立了18人的动物防疫工作队，对全市18个乡镇、办事处实行专职专责业务包保。各乡镇畜禽防疫服务中心现有防疫人员120人，他们的主要任务是对全市310村的400名村级防疫员和2760名社级协防员进行业务指导和培训，村、社两级防疫员负责本村、社所有畜禽的免疫工作，并建立免疫登记档案，对本村动物疫情进行监测报告。
制度管理创新机制。为了保障免疫效果，全市在每次大型防疫结束后，都对全市的免疫抗体水平进行监测，及时查漏补免。
