上海市在防控工作中，坚持把好四关，即免疫基础关、道口督察关、封锁消毒关、疫情监测关，确保畜禽生产安全。
上海市坚持免疫为主的方针，2006年疫苗经费全部列入市、区二级财政预算。疫苗由上海市畜牧兽医站统一组织供应，免费发放给养殖场（户）。规模养殖场由养殖场兽医进行免疫，建立防疫档案，散养户由乡镇兽医站或村级防疫员进行免疫并建立档案。市区县动物防疫监督部门进行督促检查，防止出现免疫漏洞和死角。从2006年起，上海市要求对高致病性禽流感种禽、蛋禽免疫2次以上，肉禽等其他禽类至少免疫1次，水禽全部采用H5N1亚型疫苗，鸡全部使用H5N2亚型疫苗，免疫率基本达到100%。
