在一些国家和地区相继发生禽流感疫情后，葡萄牙政府一直密切跟踪国际禽流感的进展，严密防范对本国产生影响，积极采取了一系列应对措施。
葡卫生部和农业部１０月中旬成立了由葡卫生总局、兽医总局和国家兽医研究所组成的禽流感监控委员会，定期研究和分析
相关情况，及时向政府提供最新情报和信息，以便尽快采取措施。与此同时，一些地方政府也成立应急中心，帮助协调应对禽流感的行动。
为防患于未然，葡有关部门及时制订了严防发生禽流感的应急计划。葡国家自然保护协会依照候鸟栖息地点确定了１９个禽流感发生危险区，在这些区域内严禁出售家禽。葡兽医总局列出全国各地所有与禽类有直接接触的人员名单，一旦出现险情，这些人将属于首先关注的对象。葡农业部成立的应急中心设了专线电话，供了解和掌握情况的人及时提供信息。葡当局虽然仍允许狩猎，但猎人需将猎获的鸟类、野禽送交卫生部门检疫。政府取消了秋冬季的家禽展，初期被禁止出售禽类的集市目前虽部分解禁，但仍受到监控，不仅规定了出售的范围，销售者还必须标明家禽的出处。农业部和一些医院设立了检疫室，截止１２月中旬，已有４０００多只鸟、禽受检，均未出现阳性反应。葡外交部告诫国民出国旅游尽可能避免去发生禽流感的国家，并事先打预防针。
葡政府在采取应对措施的同时，还努力加强全民防范意识。卫生部门建立了因特网网页，介绍有关禽流感知识和政府的应对措施，教育民众采取积极态度。卫生总局择机举行新闻发布会，对有关情况解疑释惑，打消群众的恐慌情绪。
１１月初，欧洲北部的飞禽因葡中部地区气候和食物适宜开始大量向这里迁移，虽然这些候鸟大多不属葡政府规定的１６种危险飞禽，葡有关当局仍加强对入境候鸟和飞禽的跟踪和检测，定期提取活体样本进行检测，及早发现并消除禽流感传播隐患。葡边检部门还进一步严格了查检和控制活禽输入的措施，加强了机场、港口、边防站的检查，严防有害禽类产品入关。葡中部的阿兰特茹地区是北欧候鸟出没区域，该地区对严密监视做了周密部署，成立了防范禽流感工作队，建立隔离区和急救机构，有关医院也制订了应急计划和预防措施。
在药物预防和治疗方面，葡卫生部门计划对所有外来活禽注射疫苗，同时积极准备抗禽流感药物，至１１月底，已耗资１８．５万欧元购买了一万剂药品，计划２００６年再花费２５００万欧元购买２５０万剂，可供２５％的人口使用。
葡政府在防控禽流感工作中还注重加强国际合作，争取欧盟的援助。葡参加了１１月下旬欧盟国家举行的应付大范围禽流感演习，在不惊动民众原则下由卫生部门和防范禽流感指挥系统对演习采取配合行动。葡议员在欧盟提出的成立欧盟应对禽流感相关机构并调拨专款的提议获得通过，并为葡全国防范禽流感计划得到１７００万欧元资金。
葡卫生部长安东尼奥·德坎波斯１１月上旬访华时表示，他对中国开展的应对禽流感的工作印象深刻，葡中两国应在对付禽流感方面加强合作。葡政府还计划派专家赴华，观摩中国处理和应对禽流感的措施和了解相关情况。
