免疫程序的制定要考虑猪只的用途、年龄、母源抗体水平、饲养条件，疫苗的种类、性质、免疫途径等因素，特别是目前混合感染率逐年升高，一定要注意联合及多重免疫。目前我国研制的猪传染性胃肠炎与轮状病毒弱毒疫苗，对3日龄仔猪主动免疫效果很好，给母猪分娩前5~6周和1周各肌注或鼻内接种一次后，则对3日龄哺乳仔猪的被动免疫保护率达95%以上；在每年秋天来临后，对新生仔猪吃乳前肌注疫苗至少30分钟后才能吃初乳。仔猪断奶前7~10天，架子猪、肥育猪和公猪肌肉注射疫苗一次即可。
对于流行性腹泻，可应用猪流行性腹泻氢氧化铝灭活苗，对妊娠母猪于产仔前20~30天接种4毫升，25公斤以下的仔猪接种l毫升，25~50公斤育成猪接种2毫升，50公斤以上成猪接种4毫升，接种部位为后海穴，接种后15天产生免疫力。
二、综合防治策略
对于病毒性腹泻的防制，必须坚持以下原则：
1.加强饲养管理，搞好环境卫生。猪饲养密度不宜过高，注意通风，避免高温、高湿及有害气体的危害。搞好产房和仔猪培育箱的保温。
2.禁止从疫区引进种猪，对外地引进的带菌猪必须隔离观察1个月以上。在发现病猪时，应隔离治疗，在治疗过程中应改善饲养管理，用药剂量要足，维持时间宜长。
3.把握适当的断奶日龄和体重，尽量减少仔猪应激。
4.定期消毒，以切断传播途径，阻止疫病发生和蔓延。在集约化条件下，最好全进全出，猪舍不应连续使用，最短必须间隔3天以上，并进行全面彻底的消毒，平时随时进行预防消毒工作。
5.对于正在发病的仔猪，应在预防细菌性继发感染、防止酸中毒、纠正电解质紊乱、防止母猪奶水质量下降的前提下，用康复母猪全血或高免血清给新生仔猪口服。若同时注射猪用干扰素，对病毒性腹泻也有一定的预防和治疗作用。
规模化猪场猪只腹泻病的病因具有多样性和复杂性，其决定了防治措施必须综合而全面。在临床上要注意区分各种临床症状，辨别病因，对症治疗。但最重要的在于预防，制定一套适合本场的综合防治措施，对于仔猪腹泻病的防制至关重要。
