卫生部宣布印尼处于禽流感疫情"非常"状态后，要求全国的家禽饲养业者必须做到符合卫生条件，定期给家禽注射疫苗，扑杀受感染的家禽。同时，卫生部责成全国44家医院为专门接收禽流感患者的医院，8家检验所为特别处理禽流感病毒的机构。政府还封锁了禽流感感染地区，监督易感地区，呼吁民众注意卫生，经常清洗畜牧养殖场地，各地方政府全力、持续地开展防治禽流感工作等。
2003年底，印尼全国33个省中有21个省先后出现禽流感疫情，数百万只家禽被扑杀。今年7月，雅加达南区文登地区首次发现一家父女三人感染禽流感病毒，并相继死亡。9月初，雅加达又有一名37岁妇女因禽流感死亡。随后又有多人因出现禽流感症状入院。21日两名疑似禽流感病童死亡，但目前还不能确认他们是否是禽流感患者。截止到22日中午，印尼全国住院治疗的疑似禽流感患者已增加到17人。
在这次禽流感疫情中，儿童患者占有较大比例。7月份死亡的三人中有两名儿童，近两天死亡的两人均是5岁的儿童。另外，与家禽接触多的人员占疑似病例的大多数，如在雅加达动物园发现19只鸟感染禽流感病毒后，该公园的一些工作人员出现感染禽流感症状。再有就是喜欢养鸡鸭等家禽的老年人。
针对这种局面，印尼政府果断地关闭了雅加达动物园并对可能的感染者进行隔离，为接触过病禽的人注射疫苗，发放抗病毒药丸。卫生部长西蒂·法迪拉·苏帕里22日说，根据日惹大学的研究结果，老鼠和苍蝇可能是传播禽流感病毒的元凶。因此，她呼吁民众消灭老鼠和苍蝇，随时清除家禽和牲畜的粪便。农业部同时宣布，将在五分之一感染禽流感病毒的畜牧场进行集体屠宰行动。农业部还建议，今后的家禽养殖场必须远离居民区，并将居民区内的养殖场全部迁至边远郊区。
禽流感疫情的发展在当地民众中引起了一些恐慌，但在政府的宣传疏导下，大多数人的情绪比较稳定，但市场反应较敏感。据报道，雅加达传统市场上的鸡肉销售量最近下降了40%到70%，鸡蛋销量下降了约30%。另外，公园特别是鸟禽公园的游客出现了下降趋势，如旅游胜地巴厘岛的鸟禽公园游客减少了25%。
在提醒民众提高警惕、防止禽流感病毒进一步扩散的同时，印尼政府还一再呼吁国民不要惊慌失措。苏西洛总统亲自主持内阁会议研究对策，表示将采取战略措施遏止禽流感疫情的蔓延。世界卫生组织驻印尼代表彼得森22日在这里说，患者增多并不表示目前的状况会恶化，而且还没有证据表明禽流感会演变成可以在人类之间传播的流行性疾病。但他认为，如果一个健康的人和禽流感患者密切接触，就有可能受到感染。
