小规模养殖点源的畜禽粪便污染是农村环境防治的一个重点，也是各地的一大难点。针对养殖业的实际情况，常熟市出台了《畜禽养殖污染治理实施意见》，对全市规模养殖户实行挂牌限期治理，市财政每年拨出100万元专款，补贴奖励治理达标的养殖户和有机肥生产企业。并采取养殖大户自我治理和分区域设立畜禽粪便处理厂相结合的方法，分类开展畜禽养殖废弃物的治理。对大规模养殖户，常熟市实行强制治理，限期达标。对面广量大的散养户，实行有机肥料生产加工企业统一收集治理。有机肥料生产加工企业由私人投入，政府政策扶持，实行市场化运作。政府根据全市养殖业发展情况引导设点布局，市、镇两级给予一定的项目扶持费。2002年以来，常熟市已投入畜禽粪便综合治理资金2000多万元，其中共投入市、镇财政补贴736万元。
常熟市畜禽良种场率先开展畜禽粪便的综合治理，猪粪经多种途径收集后集中处理，与用户签订供销合同，作茶场、菜地肥料。污水经化粪池进入20亩左右水生植物净化缓冲带，再流入100多亩肥水养鱼区。这一循环发展做法得到了联合国粮农组织、瑞典皇家农学院及国家农业部专家的充分肯定与好评。沙家浜镇的惠龙奶牛场，投资了40万元，建办了惠龙复合有机肥厂，利用本场牛粪，年生产复合肥1500吨，扣除人工工资，一年获利6万元。梅李丰收生物肥料有限公司、沙家浜益农有机肥料厂也都已经投入生产。以猪粪、牛粪、禽粪为原料加工生产生物有机肥的常熟市常禾生物有机肥料有限公司，今年来已收集了全市500多家小规模养殖散户的40000吨畜禽粪便，生产出生物有机肥8000多吨。到目前为止，该市范围内共有25000亩水稻用上了常禾公司的生物有机肥料。
这些有机肥厂的建成投用，有效地解决了当地养殖业畜禽粪便污染难题，畜禽粪便也借助多种生物技术变成为水稻专用肥、果蔬类专用肥、花卉专用肥等生态农业高效优质肥料。
