畜禽舍要有排水设施为防止洪涝灾害对畜禽生产的危害，畜禽场舍应建在远离村庄、交通方便、地势高燥的场地。圈舍四周应挖排水沟。平时要注意天气预报和江河汛情，一有险情，应及时排水抢救，尽早把畜群和饲料转移到较高的安全地带。
环境和污染物要紧急消毒受灾畜禽舍周围的物品和土壤已融进大量致病菌和人畜粪便，污染严重，使环境恶化，成为不可忽视的传染源。为保护环境和人畜健康，对遭受污染的畜舍、屠宰厂、肉食加工厂、肉库、牲畜市场及住宅、贮粪场等环境进行紧急消毒。可选用广谱、高效低毒的石灰、烧碱、草木灰、漂白粉、过氧乙酸等药物彻底消毒。以消灭传染源，切断传播途径，有效控制疫病的扩散和流行。
病死畜禽要进行无害化处理发生水患后常出现溺死畜禽和死老鼠，特别是在高温高湿条件下，极易发酵、酸败和腐臭，会散布大量致病性微生物和寄生虫，是疾病发生的主要传染源，严重污染环境和水源，极易引发畜禽疫病的流行。因此，最要紧的是妥善处理好病死畜禽，最有效、最安全无害的处理方法是，把病死畜禽烧毁，深埋在2 米以上、较高燥的坑内，撒上白灰，再复盖厚土，以防野狗扒食。但不要在灾区任意解剖畜禽，以免疫源扩散，确需解剖时，可送屠宰厂进行，但要注意消毒。
要及时做好畜禽的预防接种水灾发生后，要针对畜禽可能发生的疫病，包括常见疫病，给畜禽进行防疫补针。历史上发生过的有病史的疫病，主要有炭疽、口蹄疫、血吸虫、牛出败、禽出败、羊梭菌病（羊快疫、肠毒血病），及猪瘟、猪丹毒、猪肺疫、仔猪副伤寒、猪链球菌病、猪轮状病毒病、猪传染性胃肠类、猪流行性腹泻、仔猪腹泻病、鸡新城疫、鸡马立克病、羊痘及球虫病等。要进行这些病的应急性预防接种，应有组织、有计划地按免疫程序进行。免疫后要注意观察全身性反应，作好免疫后的监测工作。
饮水一定要消毒洪涝灾害过后的畜禽舍和环境，适宜于病原微生物和寄生虫的生长繁殖和扩散，水淹后的草料喂畜禽易患肠胃病，使其抗病力下降。因此，必需把住病从口入关，以防畜群疫病的发生。
一要净化水源，因为洪水一来，会使人畜粪尿、溺死畜禽、淹死的老鼠或农药化肥及生活垃圾、病原菌和寄生虫卵等混入水井、江河之中，造成污染，危害人畜健康。应把污染的水井抽干，渗进好水，用土袋在水井旁打起围堰，防止污水渗进。再用漂白粉消毒，才能让畜禽饮用。
二是把喂畜禽的水桶、水食槽等食具消毒或水烫，防止带菌。
三是要把畜群赶到没被污染的山上草地放牧，禁止在污染过的草场放牧。
四是舍饲畜禽不能喂被污水泡过的草料及污染变质的草料，野菜喂畜禽应先洗净再喂。
五是牲畜一定要饮用消过毒的井水，如饮用河水时，要放在水桶里，用漂白粉消毒后再饮用，或烧开后再饮，并且要饮足，防止牲畜天热口渴后见水就喝，从而引发疾病。
