饲料原料是安全饲料生产的第一道控制点，有些饲料原料生产过程中由于受病虫侵入，因此大量使用农药防治，造成谷物产品的农药残留大大超标，饲料厂在接收原料时应加强对农药残留的检测。另外，工业生产所排放的废水、废气对饲料原料污染也相当严重。目前，饲料生产企业由于检测设备的限制，大多数对农药残留和工业污染原料末加检测，这是安全饲料生产的一大隐患，饲料生产者应引起足够重视。饲料原料水分是安全贮存的关键，尤其是一些刚收获的饲料原料，水分一般都达不到安全贮藏的标准，贮藏过程中原料不可避免受霉菌和昆虫的污染，产生大量的霉菌毒素，使生产的饲料品质恶化，引起畜禽的疾病产生，因此，通过改善原料的贮存条件和控制饲料原料的水分（安全水分在12%以下），可减少霉菌的污染，这是一个最有效、最积极方法。当然，许多原料处理时由于经济的原因，不可能使其达到相当干燥的程度，采用防霉剂来控制霉菌滋生亦是有效的措施，控制霉菌生长就可以减少霉菌毒素产生。然而，防霉剂不能去除原料中已有霉菌毒素，因此必须在霉菌污染发生之前尽可能早的制定霉菌控制措施。
饲料原料的掺假，其加工后的饲料安全性得不到保证，目前，由于饲料原料供应紧缺，原料掺假的现象十分严重，给安全饲料生产带来困扰，在原料接收时，通过严格的化验来确认是否符合原料质量标准，坚决杜绝不合格的原料进厂。
饲料中大部分原料为玉米，通常贮存在立筒库内，尤其是钢板仓，由于白昼间的气温差别较大，引起贮存原料的水分蒸发和水蒸气的结露，使靠近立筒库壁面的部分原料含水量偏高，如长期贮存，则使原料产生霉变，应加强立筒仓内原料的管理，可通过对立筒库原料的翻仓以减小部分原料的水分，保证贮存原料的安全。
原料的清理
在饲料加工中，人们往往重视饲料原料中的大型杂质和磁性杂质的清理，这样可以保证饲料加工设备的安全。而饲料中的小型杂质是生产者常常忽视的，这些杂质的成分复杂，是各种有害微生物滋生的场所，当原料中水分和温度适宜其生长时，原料的营养又是其培养基，使其快速生长，产生大量的有害物质，能导致饲料品质的恶化，这是安全饲料生产应该重视的问题。饲料生产中小型杂质的清除有利于饲料的安全，同时对加工设备的使用寿命和保证产品质量的稳定十分有利。
原料中有害组分的控制
饲料加工中所使用的原料十分复杂，有些原料具有天然有毒有害物质。如植物性饲料生物碱、游离棉酚、单宁、蛋白酶抑制剂、植酸以及有毒硝基化合物等，动物饲料中的组氨、抗硫氨素等、另外一些原料受到有害微生物的污染，如受污染的哺乳动物的血、脂、骨粉或肉骨粉等，这类有毒有害物质对动物造成多种危害，能引起家畜的生产性能下降，影响其它添加组分消化吸收，甚至引起动物急性或慢性中毒，诱发癌肿。在选用原料时应根据实际需要加以控制，如棉菜籽饼粕应选用脱毒的原料，或控制用量，反刍动物饲料中禁止使用肉骨粉。
