近年来，随着兽医科技的不断进步发展，抗生素、激素的应用越来越广泛，对禽病的防治起到了重要的作用。但是，人们对抗生素、激素的不断滥用，干扰了正常微生物群与宿主的生态平衡，产生了许多不良反应，诸如：副作用、过敏反应、毒性反应和继发感染等。
菌群失调是动物有机体内环境一种状态的改变，致病菌与非致病菌是相对而言的，菌群失调是正常肠道内微生物菌群之间的关系及数量发生了改变，对机体的作用产生了紊乱。在家禽的消化道、呼吸道、泌尿生殖道存在着大量的细菌，这些细菌在维持机体正常生理功能上起着积极的作用，如果由于环境条件变化等因素，如病原微生物侵入或这些菌群间相互平衡、相互制约的关系遭到破坏，生物机体就会发病，此时如果人为地对这些菌群加以调整，恢复各菌群间的平衡关系，就可达到治疗疾病的目的，如嗜酸乳杆菌是肠道正常菌群之一，它在鸡嗉囔中进行发酵，PH值达3.8—4.0，使肠道产生一个酸性环境；而在雏鸡腹泻情况下，由于有沙门氏杆菌或大肠杆菌侵入肠道内，它们抑制了嗜酸乳杆菌的生长，肠道内酸性环境改变，这时我们补充嗜酸乳杆菌使肠道内的PH值下降，就能抑制沙门氏杆菌或大肠杆菌的生长，从而达到治疗的目的。
鸡白痢是鸡的一种常见的传染病。目前，各大中小型鸡场均有不同程度的发生。对于种鸡而言，我们可通过不断用药、检疫、淘汰等手段，最后达到净化的目的。而对于商品代鸡，只有通过消毒投药来降低鸡白痢的发病率。用药主要是抗菌素，虽然这些药物在防病治病上起了很大的作用，但是问题也越来越突出。细菌耐药性越来越高，对药物的敏感度越来越低，可选择的药物越来越少。那么就导致鸡场用药品种少，而用药量越来越大，病情仍然控制不住。如果使用促菌生、益生素等微生物制剂防治鸡白痢，效果反而比用抗菌素好，就能证明这一点。
目前，不少农户包括部分养鸡场仍然把抗菌素当作“万能药”来使用，尤其是现在的饲料厂在饲料中混入各种抗菌素作为添加剂给鸡群长期使用，因而不少病原菌都对它们产生了某种程度的抗药性，其结果是不但治不了病，反而抗菌素的不良反应对养禽业带来了种种威胁，这应该引起人们的足够重视。
菌群失调的纠正
l.合理应用抗菌素，尽量用狭谱不用广谱，用小剂量不用大剂量，用短疗程不用长疗程。最好从生态防治观点出发，培植有益菌，抵抗有害菌，实行清邪扶正的原则。
2.通过营养调整，使用活菌制剂。选择性地扶植有益菌的生成、用来抑制某些有害菌，比如双岐杆菌制剂、乳酶生等，在饲料中拌喂效果很好。
3.联合疗法，运用抗菌素进行选择性治疗后，定期给予活菌制剂，如促菌生等，避免了抗菌素所导致的生态失调和引起耐药菌株的生成。在抗菌的同时，调整家禽的胃肠平衡，促菌生和食母生联合应用，能起到良好的协同作用。
4.中医疗法，很多中草药在禽病治疗中效果极佳，其原理之一就是在于调整菌群，恢复生态平衡。
