其主要职能是：参与拟定动物疫病预防控制规划、措施、应急方案，并提供科学依据；承担动物疫病诊断、监测和技术仲裁；承担辖区内动物疫病预防、控制和扑灭的技术指导、咨询、培训；承担动物及动物产品检疫的具体实施；承担动物疫病流行病学调查和动物疫情的预警、预报；组织生物制品供应。此举标志着合肥市集管理、执法和技术“一体两翼”的“三位一体”动物防疫体制全面形成，对进一步加强该市动物疫病预防和控制，强化养殖生产和流通环节的质量安全监管，保证市民不吃“病害肉”提供有力的技术支撑和执法保障。
安徽省合肥市畜牧水产局按照市政府《关于合肥市动物防疫体系建设的意见》 和实施意见，大胆探索和实践，继在全省率先成立市动物防疫监督管理局之后，又出新举措，全面完成了局属站所改革。按照动物防疫监督执法与技术管理职能分开的原则和强化公益性职能，理顺体制，整合资源，健全机构，建立队伍，创新机制的要求，整合市畜牧兽医站、市家畜家禽检疫站、市水产技术推广中心站，组建了全国首家市级动物疫病预防控制中心。
