2004年，受海洋与渔业局的委托，南京师范大学生命科学院历经三个阶段共52天，对厦门海区白海豚进行野外观测调查。目前，专家已经确定厦门海域的中华白海豚数量在60~100头之间，其遗传性状与广西海域的白海豚有显著区别，属不同的保护单元。
通过此次调查，专家还首次发现，厦门海域的白海豚活动区域有明显季节差异，繁殖季节较长，连12月份都有繁殖，从而打破了以往关于白海豚只在夏秋之际繁殖的说法。
厦门中华白海豚一般比较集中活动在猴屿、宝珠屿和海沧大桥一带的海域，但此次调查已发现，该海域白海豚的活动频率已降低，而在鸡屿到青屿一带海区，白海豚活动频率明显增加。因此，专家们建议调整和扩大原有的保护区核心区设置。目前，厦门市海洋与渔业局接受了专家们的建议，有关白海豚保护区特别是核心区的重新划分工作已经开始启动。
另外，在白海豚的不同季节核心活动区域，都有高速快艇来往穿梭。专家据此提议，在中华白海豚保护区核心活动区域范围内，船只行驶每小时的速度最好不超过10海里；高速快 艇必须沿预先设定的固定水域和路线行驶，并根据白海豚在不同季节的活动区域调整行驶路线。
去年，厦门海域发生多起中华白海豚死亡事件，引起有关方面的关注。目前，白海豚死亡的重要原因已被确定为水下炸礁爆破。专家因此认为，厦门市应该成立专业海豚驱赶队，采用声墙驱赶法或机械噪音驱赶法，让白海豚在炸礁前安全离开施工水域。
据悉，目前厦门市已成立珍稀海洋物种国家级自然保护区管理处，具体管理保护区的工作。
