SARS-CoV跨种传播过程中，Spike蛋白的非保守性氨基酸置换可能使该病毒适应新宿主是一个重要的假说。为了检验该假说，研究人员收集了GenBank数据库中共计108条SARS-CoV的S基因全序列（截至2004年3月23日），采用邻接法重建系统树。该树将序列明确地划分为两组∶一组是2003年的兽源毒株，另一组是2002~2003年流行期间的人源毒株。在此基础上，重建了这两组各自的最近共同祖先序列并对其编码的Spike蛋白进行适应性进化检测。
结果表明，上述两条最近共同祖先序列相差13个非同义置换，而没有同义置换。在相应的13个氨基酸置换中，前8个在Spike蛋白的S1区域中，其中360,479和487这3个位点位于受体结合域内，而后5个则在S2区域中。适应性进化检测表明这13个非同义置换在体积、色谱指数、可溶性减速率和转角形成趋势这4种性质上都存在着倾向于非保守性变化的选择效应。特别是在360、665和701这3个位点上的氨基酸置换在Spike蛋白的适应性进化中可能起到重要作用。
