对于食物，人们总希望它们是安全的。遗憾的是，世界上并不存在绝对安全的食物。例如，野生番茄的果实中，含有相当数量的有害配糖生物碱（番茄素）。经过长年培育，现在食用的番茄已经很少含有这种物质了。即便如此，由于仍然存在微量番茄素，如果仅仅注重"含有番茄素"这一数据，番茄就成了一种不可食用的食物。事实上，从日常食用量和维生素等营养成分的有益性考虑，由于有益性大于危险性，而且即使食用也极少出现问题，因此通常认为这样的食物是安全的。
除了番茄之外，许多食物都含有各种各样的有害物质。例如，油菜和卷心菜含有的前致甲状腺肿素，可引起甲状腺肥大；许多食品中含有的维生素A，为维持人体健康所必须，但是一旦过量摄入，可导致剧烈头痛和皮炎。幸运的是，作为人们主食的大米、麦子等谷物，除了变应原之外，几乎不含有有害物质。不过，米糠中的植物钙镁，会阻碍人体对钙和铁的吸收。
食物中的大多数有害物质，可通过加热或加工后清除，由于含量甚微，只要适量食用，对人体的直接有害性极低。正是在这个意义上，我们说番茄、萝卜等农作物是安全的，可以放电、食用。由此可见，评价食物的安全性，必须始终考虑危险性与有益性的平衡。总的原则是，只要对人体的有害性降到可忽略的程度，即可认为是安全的。
转基因食品的"实质同等性"
对每天食用的食品进行安全性评价，除了根据长期积累的经验之外，还必须同时利用最新科学技术。新出现的食品，必须在与原来的食品（如果是大豆，那么就是以前食用的大豆）进行比较后，才能确认其安全性。这就是所谓"实质同等性"。
实质同等性，也是评价转基因作物安全性的基本概念。"只有充分了解导入基因的特性，拥有确认该食品与原来的食品在实质上同等无害的科学证据时，该转基因体的安全性才可认为与原来的食品同等。"这一概念，得到了经济合作和发展组织（OECD）的认可，除转基因食品外，还被用于评价各种新开发的食品。
评价转基因食品安全性的具体做法是，对于营养元素的种类及数量、该植物所含有生物碱等有害物质的数量、加工利用方法等，比较并检查传统农作物与转基因作物之间是否出现变化。对于由导入基因新产生的蛋白质，以及来自该蛋白质的产物，也必须进行科学探讨。
人类为了维持自身生存，除了生产粮食之外，还必须了解地球上各种生物的生存构造，营造可持续发展的生产体系。只有这样，才能保持生态系统的平衡。令人遗憾的是，即使是让粮食产量得到飞速增长的所谓"绿色革命"，也在一部分地区引发了农田沙漠化等环境问题。因此，在努力抑制人口增长的同时，还必须构筑起能够适应人口增长的可持续性粮食生产体系。
转基因农作物，正是一种能够在保持现有农业体系的同时，有效减少投入于农田的农药等化学物质的技术。利用转基因技术，还能够培育出适合在沙漠地带、盐碱地和寒冷地区生长的农作物。可以预料，随着转基因技术的不断成就以及食品安全性评价标准的日趋完善，越来越多的转基因食品将出现在人们的餐桌上，人们的饮食生活也将变得更加丰富多彩。
