肉仔鸡常发的病毒性疾病主要有传染性鸡新城疫、传染性支气管炎、传染性法氏囊炎、传染性喉气管炎等。目前出口允许使用的抗病毒类药物主要有金刚烷胺和利巴韦林。抗病毒类药物吸收利用率不高，溶解性差，体内排泄慢，药物残留量高，容易产生耐药性，在使用时要严格执行停药期制度。一般的抗病毒药物使用3～5天为1个疗程，隔几天再用1个疗程，以预防使用为主，治疗效果并不明显，由于对正常免疫的接种病毒同样有杀灭作用，因此使用抗病毒药物一定要错开肉鸡免疫期。
二、呼吸道疾病
肉仔鸡呼吸道病有的由病毒引起，有的是由细菌和支原体引起的，容易造成肉仔鸡摄食量减少，发育迟缓或引起鸡只死亡。确定是哪一种呼吸道病必须通过临床观察、病理剖检或血清等检查才可确诊。
1.慢性呼吸道病（CRD）。由鸡毒支原体引起的一种呼吸道病，主要因环境变化或免疫应激或病毒性疾病继发引起，常与大肠杆菌病混和感染，症状严重者导致鸡只死亡。本病防治重点首先做好各种病毒性疾病的预防接种，保证肉仔鸡免疫的频次和密度，避免继发病的发生；其次加强管理，去除发病诱因。在治疗药物选择上以红霉素、多西环素、林可霉素为主。
2.传染性支气管炎（IB）、传染性喉气管炎（ILT）、传染性鼻炎。
目前传染性支气管炎、传染性喉气管炎无有效药物，临床上可以给肉仔鸡投服多种维生素、微量元素，加强饲养管理，减少应激因素，同时投服含红霉素、多西环素、林可霉素原料的药物，可减轻症状。为防止继发大肠杆菌病，可以辅以头孢类、丁胺卡那、阿莫西林等药物进行预防。对于传染性鼻炎，经确诊后在发病初期投服红霉素、多西环素，辅以头孢类、丁胺卡那抗菌药物，会有很明显的治疗效果。
3.鸡新城疫（ND）。
经过免疫的肉仔鸡一般表现为非典型新城疫，具有明显的呼吸道症状。当鸡群发生非典型新城疫时，要及时投入防治呼吸道和抗大肠杆菌的药物，比如红霉素、多西环素、头孢类等，将发生继发感染的几率降到最低点。
三、大肠杆菌病
肉仔鸡大肠杆菌病的发生常与饲养管理不良有关，以继发或与其他疾病混合感染为主，主要表现为大肠杆菌性肠炎、关节炎、心包炎、肝周炎等。要在肉仔鸡生长期最易感染大肠杆菌病的阶段，选用经过药敏实验分析的药物进行先期投药预防十分有效。在药物选择上，可选择第4代头孢类、丁胺卡那、新霉素、安普霉素、阿莫西林都有较好的治疗效果。
