一、消毒方法不全面
一般情况下对鸡的消毒方法有三种：带鸡(喷雾)消毒、饮水消毒、环境消毒。这三种消毒方法可分别切断不同病原的传播途径，相互不能代替。"带鸡消毒"可杀灭空气中、禽体表、地面及屋顶墙壁等的病原体，对预防呼吸道病很有意义，另外还具有降低舍内氨气浓度和夏季防暑降温的作用; "饮水消毒"指对饮水进行消毒，可杀灭饮水中的病原体及净化肠道，对预防肠道病很有意义；"环境消毒"包括对禽场地面、门口过道及运输车(料车、粪车)等的消毒。很多养殖户(尤其是蛋鸡户)认为："经常给鸡饮消毒液，鸡就不得病"，其实如果饮水消毒操作方法科学合理，可以减少肠道病的发生，但对呼吸道疾病无预防作用，必须通过"带鸡消毒"来实现。因此，对鸡只有上述三种方法都进行，才能充分发挥消毒效果。
二、消毒不勤
消毒是一项连续的防病工作，因此时间最好不间断，"三天打鱼，两天晒网"是要不得的，下面介绍一下带鸡消毒和饮水消毒的时间间隔：
(一)带鸡消毒 育雏期一般第3周以后才可带鸡消毒(过早不但影响舍温，而且如果头两周防疫做得不周密，会影响早期防疫)，每2～3天消毒1次；育成期宜4～5天消毒1次；产蛋期宜1周消毒1次；发生疫情时每天1次。注意疫苗接种前后2～3天不可带鸡消毒。
(二)饮水消毒 育雏期最好第3周以后开始做饮水消毒(过早不利雏鸡肠道菌群平衡的建立，而且影响早期防疫)。饮水消毒有两方面含义：第一，对饮水进行消毒，可防止通过饮水传播疾病。这样的消毒一般使用卤素类消毒液，如漂白粉、氯制剂等，使用氯制剂应使有效氯浓度达3×10-6，或按照消毒液说明书上要求的饮水消毒的浓度比的上限来配制，这样浓度的消毒水可连续饮用。注意不可超过这一浓度，否则会导致肠道菌群平衡后生长快的不良现象出现; 第二，净化肠道，一般每周饮1～2次，每次2～3个小时即可，浓度按照消毒液说明书上要求的饮水消毒的浓度比的下限来配制，(如标"饮水消毒1∶1 000～2 000"，可用1∶1 000来净化肠道，每周饮1～2次；用1∶2 000来对饮水进行消毒，可连续饮用)。注意饮水消毒在防疫前后3天、防疫当天(共7天)及在用治疗药时，不要进行。
三、消毒液选择不当
(一)对消毒液的使用过于单一 总用一种消毒液容易使病菌产生耐药性，同一批鸡应选择2～3种消毒液交替使用。注意：是选择不同成分的消毒液，而不是不同商品名的，因为市面上销售的消毒液，很多是同药异名。
(二)消毒液选择无针对性 实验表明：不同的消毒液对不同的病原体其敏感性是不一样的，一般病毒对含碘、含溴、过氧乙酸的消毒液比较敏感; 细菌对含双链季铵盐类的消毒液比较敏感，而对病毒效果不佳。所以在病毒多发的季节或鸡生长阶段(如冬春、肉鸡30日龄以后)应用含碘、含溴的消毒液，而细菌病高发时(如夏季、肉鸡30日龄以前)多应用含双链季铵盐类的消毒液。
四、忽视了影响消毒的因素
(一)温度 一般情况下，消毒液温度高，消毒效果可加大。经实验证明，消毒液温度每提高10℃，杀菌效力增加1倍，但配制消毒液的水温应不超过45℃为好。另外在进舍前熏蒸消毒时需将舍温提高到20℃以上，才有较好的效果，否则，效果不佳(尤其舍温低于16℃，无效)。
(二)湿度 很多消毒措施对湿度的要求较高，如熏蒸消毒时需将舍内湿度提高到60%～70%，效果才好；又如生石灰单独用是无效的，需要洒上水或制成石灰乳等。
(三)污物或残料(如蛋白质) 灰尘、残料等都会影响消毒液的消毒效果，尤其是在进雏前，对育雏用具进行消毒时，一定要先清洗再消毒，不能清洗消毒一步完成。否则污物或残料会严重影响消毒效果，使消毒不彻底，对抵抗力弱的雏鸡来说会有很大威胁。
(四)时间 喷雾消毒，一般在中午温暖时进行，或夜间熄灯后进行。另外消毒后需要停留一段时间，消毒才会有作用，如熏蒸消毒需24小时，用具消毒时需要对用具浸泡一段时间等。
(五)消毒液的浓度、剂量 消毒液浓度并不是越高越好，浓度过高一是浪费，二是腐蚀设备，三还可能对鸡造成危害，另外有些消毒药浓度过高反而会使消毒效果下降，如酒精在75%时消毒效果才最好。消毒液用量方面，在喷雾消毒时按每立方米空间以30毫升用量为宜，太大会导致舍内过湿，用量小又达不到消毒效果。一般应灵活掌握，在鸡群发病、育雏前期、温暖天气时应适当加大用量，而天气冷、肉鸡育雏后期时用量应少。
