20世纪末，转基因作物如土豆、玉米、大豆和番茄等，在美国和加拿大一些国家得到了快速发展，转基因食品也随即进入市场，成为人们的盘中餐。在俄罗斯，转基因作物的发展并不被看好，俄罗斯政府禁止种植转基因植物。官方、学者、团体和个体对如何发展转基因作物一直存在激烈争议。至今为止，俄罗斯还没有一个机构从事转基因作物的种植。目前，俄罗斯国内只有美国孟山都公司的两种转基因土豆在俄工业科技部获得了登记。专家认为存在隐患转基因作物在俄罗斯引起的争议主要表现在以下几个方面。以俄罗斯农业科学院植物保护分部的尤里•韦列坚尼科夫和全俄罗斯植物生物保护科研所的奥列格•莫纳斯特尔斯基为代表的学者认为，由于缺乏大样本及长时间的科研数据，人们对转基因作物的风险或可能的危害还知之甚少；对转基因食品的研制，目前只有动物实验而无人体试验或长期观察；转基因作物的发展存在很多安全隐患。首先是对生物多样性的影响。转基因作物中加入了其原来没有的抗病虫害基因或抗杂草基因，新的转基因作物物种已经突破了传统生物概念，具有普通物种不具备的优势特征。若释放到环境中，会改变物种间的竞争关系，破坏原有自然生态平衡，导致传统物种灭绝和生物多样性的丧失。
其次，对生态环境的影响。释放到环境中的转基因作物通过花粉传播进行基因转移，可能会将一些抗虫、抗病、抗除草剂或对环境具有耐性的基因转移给野生亲缘物种或杂草。而杂草一旦获得转基因生物的抗逆性状，将会变成超级杂草，从而严重威胁其他作物的正常生长和生存，对生态环境造成影响。
第三，对人体健康的威胁和影响。虽然自转基因食品问世以来，全球约有2亿多人食用过数千种转基因食品，也未报道过一例因转基因食品引起的安全事件，但由于人体内生物化学变化的复杂性，长期食用后会产生什么影响等问题尚缺少全面系统的科研结论，需要经过较长时间才能表现和监测出来。例如，植入的生长激素类基因就有可能对人体生长发育产生重大影响；转基因植物中使用的抗生素标示基因，如果进入人体，也可能使人体对很多抗生素产生抗性。研究仍在加紧进行尽管专家们忧心忡忡，但这并不表明，俄罗斯不再重视转基因作物的发展。俄罗斯有关科研机构对转基因作物的研究正在加紧开展，转基因技术的理论与实践水平也已接近世界发达国家。比如，俄罗斯对转基因土豆的研究非常重视。在俄罗斯，土豆像面包一样重要，据有关机构计算，俄罗斯每年有35％的土豆被病虫害吞噬，直接经济损失在10亿美元到20亿美元之间。为此，俄罗斯科学院的生物工程中心正在俄罗斯最普及的三种土豆的基础上研制新的转基因品种，以便提高产量。俄罗斯对转基因食品的安全问题也非常关注。在俄罗斯市场上含有转基因成分的食品也不少，比如，从西方进口的昂贵的巧克力就含有转基因玉米的成分；此外，俄罗斯每年还进口20万吨至26万吨转基因大豆用于制造食用油。为了加强对转基因食品的管理，2002年9月1日，俄罗斯政府规定，凡在俄罗斯境内销售的转基因成分达到5％的食品必须进行标注。另外，在加强转基因技术安全国际合作方面，俄罗斯也签署了《生物安全议定书》。转基因作物技术的发展不仅仅是个科研问题，更多的是经济和市场问题。有关专家认为，转基因作物的发展是必然趋势，俄罗斯迟早会大力推广转基因作物的种植。
