菲律宾植物行业局转基因小组负责人Merle Palacpac称，7月1日以前定购的转基因产品船货仍然可以进入菲律宾。这些合同可以履行。但是进口商在执行7月1日以后签订的合同时，必须申报含有转基因产品的船货，而且需要按正常的进口程序，且经过生物卫生检查。
这项政策规定，转基因产品进口船货必须配合海关的随机检查。行业局仍然在与进口商进行谈话，以研究制定新管理条例的细节。
在新的管理条例下，进口商仅能进口通过农业部批准的转基因产品。目前，该行业局分别收到了来自孟山度公司、Syngenta AG 公司以及其他公司的17份申请。其中8份为转基因玉米进口申请，1份转基因大豆进口申请，3份转基因棉花进口申请，1份转基因甘蔗申请，一份转基因油菜籽申请和3份转基因土豆申请。迄今，仅有孟山度转基因Bt玉米获得了批准。批准允许进口的转基因产品将在8月底发运。
一些国家如阿根廷已经同意申报转基因船货，而其他国家如美国则不同意。美国播种的所有大豆中有80％为转基因产品，而棉花和玉米分别有73％和40％为转基因产品。
2002年，菲律宾进口了120万吨玉米，大豆进口量达25万吨，其中大多来自于美国。豆粕进口约有100万吨。
