实施转基因食品标识的相关可操作性细则要进一步完善《农业转基因生物安全管理条例》虽然实施一年了，各职能部门各司其职，加大了市场的监管力度，但现在市场实际情况反响不一，消费者对转基因食品敬而远之，生产销售单位由此产生疑虑而不愿标识，倒是非转基因食品的标识时常出现。针对这些情况，一方面要加大宣传力度，正确认识和对待转基因食品，让消费者享有知情权和选择权；另一方面要加强相关实施细则的制订，解决标识实施的规则和市场监督管理的办法，确保该条例的有效实施。
执法的主体与协作部门有待进一步理顺转基因食品的进口、销售和监管涉及农业、检验检疫、商务和质监、卫生等多部门，虽然《条例》中明确了农业部负责全国农业转基因生物标识的审定和监督管理工作，县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责本行政区域内的农业转基因生物标识的监督管理工作，国家质检总局负责进口农业转基因生物在口岸的标识检查验证工作。但监督管理主要环节在于流通领域，而市场监管仅靠农林几个部门，可能力量不够，转基因食品标记与食品标签也有关联，但食品标签的职能部门不是农林部门，检验检疫部门对进口预包装的食品的标记可以有效控制，但对非预包装转基因产品就力不从心。要改变目前转基因生物标识的被动局面，首先要进一步明确执法主体，建立相关职能部门协调合作的机制。
要掌握转基因标识的市场实情，有必要作一次普查虽然国家定期公布实施标识管理的农业转基因生物目录，但进口的转基因食品只有是预包装的食品经进境检验时才能监管和标识，如果不是预包装的食品，进口后重新包装和加工，进入流通领域，就很难进一步规范；基层相关职能部门对变化的市场心中没谱，要掌握转基因标识的市场实情，有必要作一次全面的调查，只有了解转基因食品的品种、进口来源、包装和加工后出现的新形式这些实际情况，才能研究实施对策。
建立转基因植物安全性评估中心和相关技术体系，为转基因食品安全性研究提供科学依据，为转基因食品标识的监管提供技术支撑我国已建立了转基因植物安全评估制度，各相关部门都开展了转基因产品的研究，检验检疫系统加强了进口转基因产品的检测和监管，但转基因植物安全评估和相关技术的研究要形成完整的体系有待进一步提高。虽然我国已实施了转基因植物安全性评估办法，但当今转基因食品已日趋增多，国外转基因产品及含转基因成份的产品不断进入我国市场，安全开发、安全性评估、检测研究工作必须进一步加强；另一方面，实施转基因食品的标识必须加强市场监管，这就涉及到转基因食品的正确识别和快速检测，特别是在基层，如果缺少有效快速检测的方法，市场监管难度较大。因此要使转基因食品的发展走上健康安全的道路，建立转基因植物安全性评估中心和相关技术体系势在必行。
