一、定性不定量的检测原则
农业部转基因管理办公室非正式消息称，对转基因产品的鉴定将采取容许量为零的严格标准，任何被检验出转基因阳性的大豆、油菜子将用标签进行标识，转基因产品安全证书和其它相关的转基因产品管理条款将适用于这些被标识的产品。
国内大豆贸易和加工企业认为定性不定量的检测原则作为转基因产品的鉴定标准与国际上通行的标准不同，国际上的惯例做法是以百分比含量为基准的。也就是说，只有那些转基因含量超过规定百分比含量的产品才被标为转基因产品。农业部“定性不定量”的规定在实际的大豆进口中缺乏可操作性。如果确实按这种零容许量的检测标准，那么巴西大豆将比较难进口。因为预计巴西20%的大豆为转基因大豆，种子是从邻国（阿根廷）走私到巴西的，而巴西政府还没有正式允许种植转基因大豆。因此，对巴西的大豆出口商来说，提供申请安全证书所要求的对人类和环境无害的官方批准文件根本无从谈起。安全证书申请不到，就意味着无法进口巴西的大豆。国内大豆贸易和加工企业希望农业部考虑企业的意见，改变用零容许量对转基因产品进行鉴别的定性检测标准。
二、关于安全证书的申请
据悉，农业转基因管理办公室已经开始接受境外公司对安全证书的申请，到3月31日截止，6月30日前作出批复。境外公司必须提供进口安全管理办法中规定的材料，对人类和环境无害的证明应该由境外公司所在国家官方的检测报告，不能是那些非官方的检测机构提供的报告。另外，还需要农业部指定的技术检测机构提供的检测报告。据悉，到目前为止，农业部尚未指定国内的技术检测机构。如果一批进口大豆中有不同的基因品种，要分别申请安全证书。
国内大豆贸易和加工企业对安全证书申请工作的了解已经比细则公布之初有所增加，但这些了解还只停留在纸面上，只有在实际的申请过程中才能知道农业转基因管理办公室具体的要求和尺度。所以，国内的大豆贸易企业纷纷通知境外供应商加紧安全证书的申请。
三、关于大豆产品和小包装油的标识问题
农业部转基因管理办公室非正式消息称，3月20日前已经到货的进口转基因大豆虽然不受细则的约束，但如果加工生产出来的豆油和豆粕在3月20日以后销售和流通仍然要按照标识管理办法进行标识，具体如何标识有关部门尚在研究和考虑；另外，从美国或阿根廷进口转基因大豆毛油进行加工，如果进口毛油在3月20日后到港，同样要申请安全证书。
国内不少油厂认为标识管理办法的出台对小包装油的销售是个不小的冲击。因为我国的消费者原来对转基因问题知之甚少，3月20日以后发现自己每天在吃的豆油、菜子油都标识为转基因产品，而目前我国还没有官方的舆论阐明转基因食品一定是对人类无害的。所以预计不少消费者对贴有转基因标签的小包装油将持谨慎态度，在一段时间内使得小包装色拉油的需求下降，从而影响了国内的大豆或油菜籽压榨。如果国家新闻机构配合压榨厂进行舆论上的引导，对消费者树立恰当的转基因食品的消费观念会有帮助。
