欧洲食品安全局动物卫生与福利专家小组于5月7日提出一项有关动物运输中福利保护措施建议。专家小组经研究认为，动物运输过程中的各类强刺激会对动物特别是对那些不习惯与人接触的动物造成极大的伤害，外界的胁迫因素也会增加动物在运输中传染病的易感性。保持运输前动物圈舍良好的卫生条件对在动物运输中避免传染病的交叉感染是非常必要的，同时也要密切观察动物以便选择最合适的运输方式。在不可避免的运输中应尽可能地减少胁迫刺激并缩短运输路程。对那些不习惯与人接触的动物尽可能地减少与人接触的机会。所有参与动物运输的人员都应受过良好的动物福利方面的培训。为保障动物在运输中的卫生福利，动物卫生与福利专家小组就一般性问题和针对物种的特殊性两方面提出了建议。
2002年3月1日，欧盟动物卫生及福利科学委员会在“运输中的动物福利”报告中提出的特别是针对马、猪、牛等动物的保护措施得到采用，同时欧洲食品安全局也对所有其他需要经常运输的动物提出了建议，包括：家禽、平胸鸟类（如鸵鸟）、鹿和驯鹿、野兔、鱼、狗、猫、啮齿动物、灵长类动物以及外来的和野生动物。动物卫生与福利专家小组提出的保护措施建议充分考虑到上述报告提出的大多数动物及特殊动物种类运输的一般性原则和特殊性规定。
动物福利专家小组的结论和建议概述有以下几点：
-运输中的各种胁迫极大地造成动物福利的伤害并增加疾病传染的风险。改变动物环境（如食品，人前曝光，装卸条件以及空间等）都构成了对动物的外界刺激。所有这些应急刺激特别是对那些不习惯与人接触的动物（如野生捕获的动物，成年鸟和雄鹿）都应尽量减少人为的打扰。
-动物运输中恶劣的福利条件主要是动物在装载和卸载中的粗暴的操作。为减少这些问题的产生，运输人员训练有素并有合理的报酬以鼓励良好的操作规范。
-鸟和鱼类的运输可以导致人畜共患病的传播。为防止运输种传染病的传播最好挑选那些适合运输的动物。运输前应对动物进行临床检查并对运输车辆和相关设备清洗和消毒。
-此外，穿过集市运送动物到屠宰厂应采用箱式运输方式因为增加了路程上的时间并有可能暴露传染媒介。分段运输时不应卸载动物以免增加胁迫行为和传染的风险，动物应小心地装载保持适度的密度和运输设备顶棚的高度以保障动物有正常的活动和休息范围。
-产蛋期的雌鸟以及怀孕临近生产的哺乳动物不能运输。
-尽管死亡率是衡量运输条件的一项指标特别是对家禽类，但这是最低级的考量动物福利标准措施，并且没有任何动物在死亡前遭受了怎样的痛苦和不幸的信息。
-最后，动物福利专家小组强力推荐在运输过程中习惯性地使用麻醉药物永远不能取代良好的操作规范。
