一、造成孵化率低的胚胎疾病
（一）核黄素（维生素B2）缺乏病 母鸡日粮缺乏核黄素时，即可导致本病的发生。胚胎多于出壳前几天死亡，皮肤有特征性的结节状绒毛，咀歪，趾弯曲，如能正常孵出，亦多瘫痪。
（二）维生素A缺乏病 母鸡缺喂青料而又不加喂维生素A补充剂时，就会患维生素A缺乏病，一般不显病状，但其所产的蛋常见蛋黄有血斑，鸡胚错位，胚胎死亡率增高，孵化率下降。
（三）维生素D缺乏病 孵化率明显降低，胚胎死于第18或19天。胚胎皮肤出现极为明显的浆液性大囊泡水肿，皮下结缔组织呈弥漫性肿胀。种鸡群中见软壳蛋或薄壳蛋。日粮中缺乏维生素D，或钙与磷不足，或钙与磷比例不当，或种禽缺乏光照，均可导致本病的发生。幼禽见有骨软病或在老禽中见间歇性瘫痪症状。
（四）锰缺乏病 孵化至第20～21天时胚胎死亡，胚体骨骼畸形，喙为特征性的“鹦鹉喙”，圆头，突肚，水肿；雏鸡如能孵出，可能有神经机能紊乱表现，类似脑软化病。种鸡群中，可能有些显现骨短粗症，日粮配合可能钙、磷或铁过多，产蛋量下降。
（五）蛋白质和必需氨基酸缺乏病 母鸡日粮配合过于单纯，特别是动物性饲料不足，缺乏某些必需氨基酸，因而影响胚胎的生长发育，甚至死亡。
（六）维生素B12缺乏病 胚胎多于第17天死亡，孵化率低，腿肌萎缩，组织内出血，日粮中动物性饲料缺乏是导致本病发生的原因。
（七）慢性呼吸道病（支原体病） 胚胎常于第18～21天龄时死亡，体型短小，其呼吸道有干酪样渗出物，水肿，关节化脓肿大，肝坏死，心包炎，肝和脾肿大；种鸡群可能出现有明显慢性呼吸道病症状的鸡，如打喷嚏、咳嗽、喉头发出咯咯声，鼻有分泌物等，亦可能有带菌者。实验室细菌培养，在绒毛尿囊膜和卵黄囊中可发现支原体。
（八）白痢杆菌病 孵化至19～20天时胚胎死亡，从胚内可分离出白痢杆菌，雏禽死亡率高，有典型的病状与病变，肝、脾肿大，并且在这些脏器和心、肺出现细小的坏死结节，直肠和泄殖腔有较多的尿酸盐充塞；种鸡群有白痢杆菌病时凝集反应为阳性。
（九）副伤寒 胚胎的病变与白痢杆菌病相似，确诊要靠病原学诊断。
（十）禽伤寒 胚胎的病变亦与上述两病相似，确诊亦要靠病原学诊断。
（十一）脐炎 多种病原微生物均可使胚胎感染而发生脐炎。主要病变为脐环周围呈现炎性肿胀，腹壁有胶样浸润，呈紫红色，且有坏死灶。细菌培养可发现病原体。孵出的雏鸡见有脐炎病变。
此外，孵化前蛋的贮存不当和孵化时技术操作不完善；新城疫、禽流感等病毒性疾病感染种鸡等都可造成孵化率低。
