耐药性是指在现场情况下，某一寄生虫虫株在使同种寄生虫毁灭和抑制其繁殖的药物浓度下仍能繁殖和生存的能力。现时情况下，还必须依赖抗球虫药物来控制球虫病的发生，所有肉鸡配合饲料几乎都添加抗球虫药，因此肉鸡从1日龄到上市前一周为止，球虫的整个发育阶段都处在受抑制，甚至被杀灭的药物压力之下，这种选择压力就会使虫株不可避免地产生耐药性。
一、影响球虫耐药性产生的因素
1. 供试动物的数量
研究表明，在接种卵囊数量一定、药物浓度的选择压力一定、供试动物的数量越大获得耐药虫株的机率也就越大，可见在现场情况下鸡群数量越大，耐药性产生机率也越大。
2. 接种卵囊的数量 在供试动物的数量和药物浓度的压力一定时，接种卵囊的数量与耐药性产生的速度成正比。
3. 药物浓度的选择压力
一般认为药物浓度或剂量大，则不易形成耐药虫株，只有少量多次接触方易形成，而Peeters（1970）认为耐药性的产生速度与药物浓度的选择压力呈正相关，药物的选择压力是决定耐药性产生速度和程度的主要方面，使用远远低于推荐浓度的药物剂量时，药物没有对球虫造成致命损伤的压力，即不易产生耐药性。
二、耐药性产生机理
耐药性通常是由自然界存在突变个体的多次重复选择，将微弱的耐药性积累的结果。一般来说，基因突变是随机发生的，球虫也不例外，它也能够在生长和繁殖时发生突变。有些突变反而对球虫生存和繁殖有利，这样的个体在药物的作用下能够生存下来，而没有发生突变的个体反而会被抑制或杀死，经过多次这样的过程，就产生了耐药性。
三、解决耐药性的措施
从目前所用的抗球虫药来看，不管是化学合成药，还是离子载体类抗球虫药，都或多或少地产生了耐药性，以前认为离子载体类不会产生耐药性的看法是欠妥的。通过良好的给药方案来控制球虫病的发生，以延缓球虫耐药性的产生才是当今的首要任务。
1. 穿梭用药方案
在同一批鸡中的不同阶段使用化学结构或作用原理不同的抗球虫药物。此方案有延缓球虫耐药性产生的作用，但存在的危险是可能形成同时对几种药物的适应性，即产生对几种药物同时有耐药性的虫株。
2. 轮换用药方案
在一个养殖场中，第一批鸡使用一种化学结构的抗球虫药，第二批鸡使用另外一种化学结构不同的抗球虫药，第三批使用第三种化学结构不同的抗球虫药，如此交替使用。在生产实际中，换用新药后往往能更好地控制球虫病，并且改善鸡只的生产性能，这是因为球虫对第一种药物产生轻微的耐药性以后，对第二种药物非常敏感的缘故。
3. 联合用药方案 即同时使用几种抗球虫药，目的是利用药物的协同作用或扩大药物抗球虫谱。但是，这种用药方式容易产生多重耐药性虫株。
4. 关于
