尽管巴西约96%的大豆作物是转基因品种，但是传统大豆――即非转基因大豆在马托格罗索州也开始占据一席之地。
近来路透社的报道称，马托格罗索州有三家公司愿意多出钱采购传统大豆，分别是Amaggi公司、Imcopa国际公司和Caramuru Alimentos公司。
上个年度巴西传统大豆价格相对于转基因大豆价格的平均升水为每袋12雷亚尔，约合每蒲式耳1.75美元。价格升水用来抵消维持传统大豆不受转基因大豆污染而多出的成本。考虑到目前大豆价格低迷，这样的升水很有吸引力。升水高企将鼓励马托格罗索州农户在2017/18年度提高传统大豆播种面积。
马托格罗索州农业经济研究所（IMEA）称，2016/17年度马托格罗索州传统大豆占到13.6%，低于2015/16年度的15%，主要原因是种子供应匮乏。上个年度一些农户希望提高传统大豆播种面积，但是他们买不到种子。种子供应短缺的原因在于2015/16年度生长条件糟糕，当时天气高温干燥，严重影响种子生产。
不管市场对转基因大豆的态度是支持还是反对，亚洲和欧洲地区对传统大豆有需求，而马托格罗索州是唯一生产传统大豆的主要产区。中国消费者要求更多的非转基因豆油，而国内生产商无法满足这样的需求。中国希望粮油集团的官员称，中国需要1100万吨传统大豆来满足国内食品需求，不过国内农户只能向压榨商供应300万吨。此外，欧盟14国在2015年进口270万吨传统豆粕，今后他们可能从印度进口更多的豆粕。
巴西只有马托格罗索州农户能够种植传统大豆的原因在于，这些大豆从马托格罗索州直接出口。传统大豆必须在整个运输链中与转基因大豆隔离，而这只有马托格罗索州西部地区能够完成。这些传统大豆通过位于朗多尼亚州马德拉河的Porto Velho港出口，然后通过驳船运到亚马逊下游。巴西只有Porto Velho港拥有处理传统大豆的仓库和运输系统，因此避免了与转基因大豆混合。巴西没有其他港口只处理传统大豆。如果传统大豆使用集装箱装运，就可以避免污染，但是对于大宗散装货轮，Porto Velho港口是巴西唯一的隔离传统大豆的港口。
