亮点一：
首次明确种业国家战略地位——种业产业升级势在必行农业部种植业司副司长马淑萍表示，《意见》的一大亮点，是首次明确了农作物种业的地位，即种业是国家战略性、基础性的核心产业，是促进农业长期稳定发展、保障国家粮食安全的根本。
回顾我国农业发展，种子的每次突破，都带来生产力的巨大飞跃。水稻矮化品种的选育成功，使单产提高了50%；杂交水稻大面积推广，提高单产20%以上；超级稻育种技术的突破，实现了亩产800公斤的跨越，引领水稻生产“第三次革命”；从农家种到杂交种，从紧凑型玉米、紧凑大穗型玉米再到超级玉米，我国玉米亩产量短短30年先后突破1000斤、1500斤、2000斤大关；……然而，连年增产之后，我国农业增产增效难度越来越大。发展现代农业，保障农产品供给，科技兴农必须有新的突破，种子必须有新的突破。
改革开放特别是进入新世纪以来，我国农作物品种选育水平、良种供应能力和种业实力有了明显提升，良种的有效供应为粮食连续增产和农民持续增收作出了重要贡献。我国种子市场价值从2001年的200亿元增长到500多亿元，已成为仅次于美国的第二大种业市场。
但是，与发达国家上百年的种业发展历程相比，我国农作物种业进入市场只有10年时间，整体水平比发达国家低不少，产学研相结合不紧密、育种创新能力较弱，产业化水平不高、供种保障能力不强，不能适应现代农业发展的要求。种业产业升级，势在必行。
亮点二：
建立商业化育种新机制——科研单位集中精力打基础，种子企业千方百计做育种《意见》的第二个亮点是指明了今后农作物种业的发展方向，即构建以产业为主导、企业为主体、基地为依托、产学研相结合、“育繁推一体化”的现代农作物种业体系。
马淑萍说，我国农作物种业仍处于初级阶段，集中表现为商业化的种业科研体制尚未建立，品种同质化严重，企业竞争力不强，保障供种安全能力亟待加强。《意见》针对性地提出了农作物种业的发展方向，并明确目标：到2020年，形成科研分工合理、产学研结合、资源集中、运行高效的育种新机制，培育一批具有重大应用前景和自主知识产权的突破性优良品种，建设一批标准化、规模化、集约化、机械化的优势种子生产基地，打造一批“育繁推一体化”的现代农作物种业集团。
与国外相比，我国育种资源和人才多集中在公共科研单位，企业缺乏育种创新能力。结果是，该做的基础工作没做到位：全国39万份种质资源，而经过科研作出全面评价的只有5000份，种质资源改良、育种方法、技术创新等基础性、公益性研究薄弱。该搞育种的又借不上力：统计数据显示，我国90%以上的企业没有研发能力。反倒是80%的科研经费投入到商业化育种等应用研究，品种研发以课题组的形式为主，怎能与国外大企业工厂化、团队式的育种方式相比？
针对这种情况，《意见》提出，加大对优势科研院所和高等院校的基础性、公益性研究投入。科研单位重点开展农作物种质资源搜集、保护、鉴定、育种材料的改良和创新等基础性、前沿性、公益性研究。同时支持科研单位的种质资源、科研人才等要素向种子企业流动，逐步形成以企业为主体、市场为导向、资本为纽带的利益共享、风险共担的农作物种业科技创新模式。
另一方面，则是建立商业化育种体系，鼓励“育繁推一体化”种子企业整合现有育种力量和资源，逐步建立以企业为主体的商业化育种新机制。
亮点三：
确立企业主体地位——多项政策扶持，提升种业四大能力马淑萍说，确立企业的主体地位，是我国育种体制的一大突破。《意见》提出，科研单位要逐步退出商业化育种，重点开展种业基础性、公益性研究。商业化育种重点由企业承担。
农业部种植业司种子处处长吴晓玲说，国际种业发展历程说明，企业强则种业强，龙头企业是国家种业战略的核心载体，扶持龙头企业壮大和整合社会各类资源，是国家种业强大的必由之路。例如，美国种业市场在20世纪30年代仍然是以数量众多的小规模家庭企业为主，1960—1990年间，美国种业经历产业快速发展阶段，一方面是种子企业间横向并购扩张，另一方面是制药、农化大企业进入并逐步主导种业。大规模的产业并购直接导致种业集中度快速提升，目前全球前10大种业公司中，前5强2009年销售收入合计占全球种业市场份额达51.7%。
我国将出台多项扶持政策，着力提升我国农作物种业科技创新能力、企业竞争能力、供种保障能力和市场监管能力。
——中央财政支持“育繁推一体化”种子企业开展商业化育种，支持种子企业引进国内外先进育种技术、装备和高端人才，并购优势科研单位或种子企业，促进企业发展壮大。
——免征“育繁推一体化”种子企业种子生产经营所得税，在兼并重组方面给予税收优惠。
——建立健全国家和省两级种子储备制度，完善种子收储政策，鼓励和引导相关金融机构特别是政策性银行加大对种子收储的信贷支持，中央和省级财政对种子储备给予补助。建立政府支持、种子企业参与、商业化运作的种子生产风险分散机制。
——对西北、西南、海南等优势繁制种基地实行严格保护，加大新一轮种子工程投入，建设一批规模化、标准化、集约化、机械化的种子生产基地，开展种子生产保险试点工作。
——强化各级农业部门的种子管理职能，明确负责种子管理的机构，种子管理工作经费纳入同级财政预算。
