1月20日 发展改革委、财政部联合发出《关于做好2006年化肥生产供应和价格调控工作的通知》。
1月31日 国务院发布《关于解决农民工问题的若干意见》，要求统筹城乡发展，认真解决涉及农民工利益的问题。
2月24日 税务总局指出，与农村税费改革前相比，2006年全面取消农业税后全国农民共减轻负担1265亿元。
2月27日 发展改革委、财政部、国家粮食局、农业发展银行联合发出《关于公布2006年稻谷和小麦最低收购价格的通知》。5月18日，发展改革委等部门发布2006年小麦最低收购价执行预案。9月17日，发展改革委等部门发布2006年中晚稻最低收购价执行预案。
3月18日 农业部宣布，我国所有禽流感疫情全部扑灭。2005年以来，我国共发生35起高致病性禽流感疫情，共有19.4万只禽发病，死亡18.6万只，扑杀2284.9万只。
4月12日 温家宝总理主持召开国务院常务会议，审议并原则通过《国务院关于完善粮食流通体制改革政策措施的意见》。
4月29日 十届全国人大常委会第二十一次会议审议通过《农产品质量安全法》。
6月30日 温家宝总理主持召开国务院常务会议，部署深化农村税费改革和推进农村综合改革工作。9月1-2日，全国农村综合改革工作会议召开，温家宝总理强调，不失时机推进农村综合改革，为社会主义新农村建设提供体制保障。
8月3日 农业部发布《全国农业和农村经济发展第十一个五年规划（2006-2010年）》。
10月18日 财政部、税务总局、发展改革委联合发出《关于继续暂停部分化肥品种出口退税的通知》。
10月24日 发展改革委等三部门发布《棉花加工资格认定和市场管理暂行办法》，提出“放开收购、管住加工、规范市场、保证质量”的原则，彻底放开棉花收购，提高棉花加工的市场准入门槛。
11月23日 我国正式确定116县（市、区）为国家基本农田保护示范区，计划用5年时间，投入资金约320亿元，建设高标准、有特色基本农田2028万亩，占示范区总面积15%。
12月13日 国务院办公厅发出关于做好粮油供应工作稳定粮食市场的通知。
回良玉副总理在第二次全国农业普查电视电话会议上强调，要加强领导，精心组织，确保质量，圆满完成农业现场调查任务。第二次全国农业普查现场调查于2006年12月31日24时全面展开。
12月15日 农业部发布《全国粮食生产发展规划（2006-2020）》。
12月22日-23日 中央农村工作会议在北京召开，全面部署2007年农业和农村工作。12月25日，全国农业工作会议提出2007年我国粮食面积要力争稳定在15.8亿亩以上、单产力争增长1%以上的目标。
