国家发改委明确对东北地区经山海关站入关的玉米、大豆等品种收取铁路建设基金，而铁路运入大连（供海运）的则不实行，以缓解铁路入关运输的压力，发挥我国沿海水运的潜能。
虽然本次基金的重新收取标准（每吨公里0.012元）比以前确定的征收铁路基金标准（每吨公里0.0415元）相对明显降低，但对玉米、大豆购销企业的成本还是构成一定影响，企业采购成本增加。如吉林长春到上海铁路距离约2350公里左右，恢复后每吨玉米运输成本约增加28～30元。对于大豆而言，山东地区油厂，从哈尔滨到山东济南的铁路里程大约是1600公里，大豆采购成本将上涨19.2元/吨。
中国大豆网一位分析师表示，我国对铁路建设基金的重新征收很可能导致进口大豆数量增加。征收铁路建设基金意味着东北发往关内的大豆成本将会上扬，在目前整个市场供大于求的情况下，成本的提高无疑将会更加重这些油厂的销售压力，因此关内的一些油厂采购东北大豆的兴趣可能会下降，转而订购更多的进口大豆，尽管这次恢复征收的收取标准并不高。
一些市场人士认为，铁路运费提升后，在利润缩水的情况下，贸易商很可能会改投水路，寻找新的贸易通道，原来的内陆贸易商会转做港口贸易。以吉林长春—广州为例，铁路里程3459公里，入山海关后里程2313公里,运费将增加27.756元/吨，与此同时，由于油价不断下调，海运费价格继续回落，目前北方港口至南方港口运费已经下调了20元/吨左右。如果从陆路改走水路，仅运费一项成本就可节省近50元/吨。
北京工商大学教授高扬认为，恢复征收铁路建设基金可能会增强大连地区期货市场地位。她表示，每年大连—鲅鱼圈—锦州港口沿海一线内贸运输量可达650万～700万吨，约占东北玉米内贸数量的1/4～1/3左右。此外，我国的外贸出口玉米几乎全部通过该地转运，自1999年以后随着玉米外贸出口量的不断增加，每年出口数量在1000万吨左右。运费调整后，海运优势进一步加大，一些企业贸易流向的部分改变会增加大连沿海一线流量，而大商所在大连及周边地区设有25家定点交割库，年度商品交割超过百万吨，流量的增加将进一步促进交易所功能的发挥，期货市场地位也将得到增强。
铁路建设基金是经国家批准在铁路货运价格基础上收取的专门用于铁路建设的专项行业发展基金，自1991年至今，铁路建设基金累计收取近4000亿元，占同期铁路基建投资总额的42%。从2002年4月1日至2006年，国家免征了粮食、棉花类8种货物品名的铁路建设基金；从2003年3月1日起，免征豆粕类货物铁路建设基金至2005年。
