转基因大豆具有明显优势，国产大豆在竞争中处于下风。目前，我国的大豆种植规模较小，黑龙江专业农户的规模也只能达到150亩左右，而美国、巴西大豆农场的生产规模远远超过我国，导致我国大豆种植成本比美国高出33 %。此外，美国所种植的大豆，基本上是转基因大豆，主要用于榨油，而国产大豆主要用于制作豆制品。目前，国产大豆的出油率为16%-17%，而进口转基因大豆的出油率一般在19%-22%。大豆的出油率每差一个百分点，加工10 万吨大豆，效益就相差1500万元。国产大豆已逐步退出国内榨油业。
国内大豆产业面临外资蚕食。自2004年以来，跨国粮商正在形成对我国大豆加工行业的垄断布局，使我国的大豆行业出现了“拉美化”倾向，深层次的矛盾也逐步显现出来。据统计，1995年大豆进口量与国内产量的比例为80 万吨∶1350万吨，到2005年，大豆进口量与国内产量的比例为2659万吨∶1830万吨，国内消费逐步转向依赖国际市场。目前，外资企业正在形成对我国大豆加工业的垄断布局，仅ADM、嘉吉和邦基三大跨国粮商已经掌握我国近1/3的大豆加工能力，如果加上金光、正大等，外资已控制我国40%的大豆加工能力。迫于外商强大的资金运转能力，国内中小企业大部分已停产关闭。
