欧盟表示希望欧盟食品安全局能够与各国的实验室密切合作，解决就转基因农作物所引发的观点分歧。但是新提议不会导致欧盟撤回已经获得批准的转基因作物或食品。
如果欧盟成员国以及相关监管部门同意委员会的提议，意味着欧盟食品安全局在否定成员国政府所提出的安全担忧时，必须提供正当的理由；此外，在作出批准转基因产品的决定时，欧盟食品安全局也需要更为关注转基因作物的长期影响，以及可能对生物多样性(bio-diversity)造成的影响。
欧盟委员会发言人汉森指出，转基因种子的销售与使用批准必须拥有更高的科学一致性以及透明度，这样才能够打消各国政府对生物科技的深切担忧。生物科技食品的公众信任危机已经令欧盟委员会受到激烈的批评。批评人士指责盟委员会为了取悦大企业而把未经过试验的生物技术引入欧盟。数年来，这一争论不断升级，甚至有媒体把这一食品称为“毁灭自己的食品”。
奥地利和意大利政治领导人一直激烈批评欧盟批准转基因产品的方法。奥地利、法国、德国、希腊和卢森堡仍拒绝使用欧盟批准的一些生物科技谷物。孟山都和陶氏化学公司等生物科技巨头表示，政治反对力量完全左右着公众观点。
欧盟食品安全局发言人称，监管部门在措施管理及实施上面没有任何问题。不过她补充说，严格的立法程序使得食品安全局的工作开展方式没有任何活动的余地。这位发言人补充说，欧盟委员会并非质疑转基因产品的批准所基于的科学论据，这只是透明度提高的问题。我们将加强发布科学观点的方式。
欧盟食品安全局的科学家们是基于行业提供的信息以及额外的数据来对转基因种子对健康和环境构成的风险进行评估。周四，欧盟食品安全局否决了五个成员国提出的安全担忧，表示被一些成员国拒绝的五种转基因作物不会对健康或环境造成任何风险。
欧盟生物科技游说团体―EuropaBio表示，欧盟转基因产品的核准程序更加透明化，将缓解人们对这一科技的担忧。该机构代表着种植户、孟山都、拜尔农业公司等集团。不过该团体表示担心这一建议的实施可能会使得政客阻止一些作物的批准。
根据周四出台的官方声明，如果成员国提出重要的新科学问题得不到欧盟食品安全局的全面解释，那么基于新的建议，欧盟可以暂停批准决定。如果这权力被政客们不负责任的利用，行业人士将会对此感到忧虑。
不过环境保护组织－地球之友欧洲分部表示，欧盟委员会决定加强转基因批准管理，承认欧盟食品局的工作中存在瑕疵。该机构发言人表示乐于见到欧盟委员会认识到这个问题。他补充说，欧盟的食品安全网显然存在漏洞，因此新的转基因食品批准工作必须在公众得到完全保护之前暂停。
